Bacteria on mummified seals in the Antarctic Dry Valleys

Последняя версия опубликована SCAR - Microbial Antarctic Resource System Mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Amplicon dataset of Bacteria (16S ssu rRNA) living around mummified seal carcasses in the Antarctic Dry Valleys

Загрузки

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (9 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (11 KB)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Tiao G, Lee C, McDonald I, Cowan D, Cary C (2019): Bacteria on mummified seals in the Antarctic Dry Valleys. v1.2. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_dry_valley_mummified_seal_microbiome&v=1.2

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: a3fb3af6-724d-4de3-ace8-4fa21cc729ed.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Кто является создателем ресурса:

Grace Tiao
University of Waikato Hamilton NZ
Charles Lee
University of Waikato Hamilton NZ
Ian McDonald
University of Waikato Hamilton NZ
Donald Cowan
University of the Western Cape Cape Town ZA
Craig Cary
University of Waikato Hamilton NZ

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Grace Tiao
University of Waikato Hamilton NZ

Кем заполнены метаданные:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute for Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels

Кто еще связан с данным ресурсом:

User

Географический охват

soil samples from under and around mummified crabeater seal near Lake Miers (S 78°05′36″, E 163°51′22″), Miers Valley, Victoria Land, Antarctica, that was transported to a similar site 20 m north.

Ограничивающие координаты Юг Запад [-78.933, 163.856], Север Восток [-78.933, 163.856]

Таксономический охват

Amplicin sequencing of Bacteria (16S ssu rRNA gene)

Domain  Bacteria (Bacteria)

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2005-01-15 / 2009-01-15

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название Seal Movement
Финансирование This work was supported through grants from the New Zealand Foundation for Research Science and Technology, Antarctica New Zealand, and the National Science Foundation (OPP-0739648 and 0944560). Additional support was provided by a George Peabody Gardner Fellowship, by the New Zealand Foundation for Research, Science and Technology Postdoctoral Research Fellowship and the New Zealand Marsden Foundation (UOW1003).

Исполнители проекта:

Grace Tiao

Методы сбора

Soil samples (>10 g each) were collected aseptically at a depth of 0.05m. Samples were stored in sterile plastic containers at −80 °C until analysis.

Охват исследования On 30 January 2006, a mummified crabeater seal was carried from its original resting site near Lake Miers (S 78°05′36″, E 163°51′22″), Miers Valley, Victoria Land, Antarctica, to a new site of similar geomorphology 20 m north. Samples for amplicon sequencing were taken from the original site before transportation (austral summer 2005), the new site before transportation (control, austral summer 2006), and the new site after incubation (austral summer 2009)

Описание этапа методики:

  1. 16S rRNA gene were generated using the primer pair Tx9 (5′-GGATTAGAWACCCBGGTAGTC-3′) and 1391R (5′-GACGGGCRGTGWGTRCA-3′). PCR was performed in triplicate and pooled to reduce stochastic variability between reactions. Each 30 μl reaction contained 5 or 20 ng of extracted community DNA, Pfx polymerase and platinum polymerase (0.5 U each; Invitrogen), 1× Pfx PCR buffer with Pfx enhancer, 0.2 mM dNTPs, 1 mM MgCl2, 0.02 mg ml−1 BSA, 0.8 μM of forward and reverse primer, and PCR-grade water. Thermal cycling conditions were 94 °C for 2 min; 18 or 24 cycles of 94 °C for 15 s, 55 °C for 30 s and 68 °C for 1 min; and 68 °C for 3 min.
  2. Amplicons were size-selected and purified using polyacrylamide gel electrophoresis before being prepared for pyrosequencing by Taxon Biosciences (Tiburon, CA, USA).

Библиографические ссылки

  1. Tiao, G., Lee, C. K., McDonald, I. R., Cowan, D. A., & Cary, S. C. (2012). Rapid microbial response to the presence of an ancient relic in the Antarctic Dry Valleys. Nature Communications, 3, 660.

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы a3fb3af6-724d-4de3-ace8-4fa21cc729ed
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_dry_valley_mummified_seal_microbiome