Marine bacterial, archaeal and eukaryotic microbial communities on the continental shelf of the western Antarctic Peninsula

Последняя версия опубликована SCAR - Microbial Antarctic Resource System Mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Amplicon sequencing dataset (454 pyrosequencing) of microbial Bacteria (16S ssu rRNA), Archaea (16S ssu rRNA) and Eukaryotes (18S ssu rRNA) in seawater on the continental shelf of the Antarctic Peninsula.

Загрузки

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (10 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (9 KB)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Luria C, Ducklow H, Amaral-Zettler L (2019): Marine bacterial, archaeal and eukaryotic microbial communities on the continental shelf of the western Antarctic Peninsula. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=marine_bacterial_archaeal_eukaryotic_microbial_communities_western_antarctic_peninsula&v=1.1

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 3a1bad58-879c-4e66-a780-2441ecf2fe3d.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Кто является создателем ресурса:

Catherine Luria
Brown University Providence US
Hugh Ducklow
Lamont-Doherty Earth Observatory of Columbia University Palisades US
Linda Amaral-Zettler
Brown University Providence US

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Catherine Luria
Brown University Providence US
Linda Amaral-Zettler
Brown University Providence US

Кем заполнены метаданные:

Maxime Sweetlove
Research assistant
Royal Belgian Institute of Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels BE

Кто еще связан с данным ресурсом:

User

Географический охват

Southern Ocean, Continental shelf off the Antarctic peninsula

Ограничивающие координаты Юг Запад [-63.97, -73.03], Север Восток [41.64, -64.406]

Таксономический охват

Bacteria (16S ssu rRNA gene, v6 region)

Domain  Bacteria (Bacteria)

Archaea (16S ssu rRNA gene, v6 region)

Domain  Archaea (Archaea)

Eukarya (18S ssu rRNA gene, v9 region)

Domain  Eukarya (Eukaryotes)

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2008-01-05 / 2008-01-27

Данные проекта

http://amarallab.mbl.edu

Название Microbial Inventory Research Across Diverse Aquatic Long Term Eco- logical Research Sites
Идентификатор MIRADA-LTERS
Финансирование NSF DEB- 0717390 (MIRADA-LTERS) and NSF Awards OPP- 0217282 and 0823101 (Palmer LTER) from the Antarctic Organisms and Ecosystems Program
Описание района исследования Palmer Antarctica LTER

Исполнители проекта:

Catherine Luria

Методы сбора

Samples were drawn from 10 and 100 m depths from the northern and southern, inshore and offshore corners of the Palmer LTER sampling grid. We collected duplicate samples using a rosette equipped with 10 l Niskin bottles and conductivity, temperature, and depth (CTD) probes. To contrast summer and winter water, we also collected an additional Austral winter sample from 10 m depth at the northern, inshore sampling site in August 2008, using a submersible pump with silicone tubing. Water samples were filtered (1 to 2 l) through 0.2 μm SterivexTM filters (Millipore), preserved genomic DNA by flooding the 2 ml filter cartridge reservoir with sucrose lysis buffer (40 mM EDTA, 50 mM Tris-HCl, 0.75 M sucrose), and stored the filters at −80°C until processing.

Охват исследования Sampling was conducted on the annual Palmer LTER (western coast of the Antarctic Peninsula) midsummer research cruise (January−February 2008)

Описание этапа методики:

  1. We extracted DNA using a Puregene DNA extraction kit (Qiagen), with modifications as described by Amaral-Zettler et al. (2009), and stored the DNA at −20°C until PCR amplification. Bacterial and archaeal V6 16S rRNA and eukaryotic V9 18S rRNA gene hypervariable regions were amplified as described previously (Huber et al. 2007, Amaral- Zettler et al. 2009), using ‘barcoded’ primers which al- lowed for multiplexed sequencing (see http://vamps. mbl.edu/resources/primers.php for details). For each sample, we pooled triplicate 50 μl PCR reaction products to minimize propagation of PCR errors and purified them using a QIAquick column-based purification kit (Qiagen). We sequenced purified amplicons on a 454 Genome Sequencer FLX (Roche) according to the manufacturer’s protocols using the LR70 kit.

Библиографические ссылки

  1. Luria, C. M., Ducklow, H. W., & Amaral-Zettler, L. A. (2014). Marine bacterial, archaeal and eukaryotic diversity and community structure on the continental shelf of the western Antarctic Peninsula. Aquatic Microbial Ecology, 73(2), 107-121.

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы 3a1bad58-879c-4e66-a780-2441ecf2fe3d
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=marine_bacterial_archaeal_eukaryotic_microbial_communities_western_antarctic_peninsula