Microorganisms (Bacteria, Archaea and phototroph eukaryotes) from Fildes Bay, King George Island, Antarctica

Última versión publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System el mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Fecha de publicación:
19 de marzo de 2019
Licencia:
CC-BY 4.0

Descargue la última versión de los metadatos como EML o RTF:

Metadatos como un archivo EML descargar en Inglés (10 KB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Inglés (11 KB)

Descripción

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq and 454 pyrosequencing) of Bacteria and Archaea (16S ssu rRNA gene) and phototroph eukaryotes (16S chloroplast) from sea water in Fildes Bay, King George Island, Antarctica

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Moreno-Pino M, De la Iglesia R, Valdivia N, Hendriquez-Castilo C, Galan A, Diez B, Trefault N (2019): Microorganisms (Bacteria, Archaea and phototroph eukaryotes) from Fildes Bay, King George Island, Antarctica. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbes_fildes_bay_antarctica&v=1.1

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 9fe229a7-9015-40a7-a212-e63ca57f9828.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras clave

Metadata

Contactos

Mario Moreno-Pino
  • Originador
  • Punto De Contacto
Universidad Mayor
Santiago
CL
Rodrigo De la Iglesia
  • Originador
Pontificia Universidad Catolica de Chile
Santiago
CL
Nelson Valdivia
  • Originador
Universidad Australe de Chile
Valdivia
CL
Carlos Hendriquez-Castilo
  • Originador
Pontificia Universidad Catolica de Chile
Santiago
CL
Alexander Galan
  • Originador
Universidad Catolica de la Santisima Concepcion
Talcahuano
CL
Beatriz Diez
  • Originador
Universidad Catolica de Chile
Santiago
CL
Nicole Trefault
  • Originador
  • Punto De Contacto
Universidad Mayor
Santiago
CL
Maxime Sweetlove
  • Proveedor De Los Metadatos
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Cobertura geográfica

Fildes Bay, King George Island, Antarctica

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-62,29, -58,94], Latitud Máxima Longitud Máxima [-62,16, -58,73]

Cobertura taxonómica

Bacteria and Archaea (16S ssu rRNA gene)

Dominio Bacteria (Bacteria), Archaea (Archaea)

phototrophic eukaryotes, based on the chloroplast 16S ssu rRNA gene

Dominio Eukaryota (algae)

Métodos de muestreo

Surface water samples (5 m depth) were collected with 5 L Niskin bottles from 17 different locations. Each location was assigned to one of the following four categories: Collins Glacier (‘C’ stations), Nelson Glacier (‘N’ stations), Fildes Bay (‘F’ stations) and Inner Bay (‘IB’ stations). Seawater samples (5 L) were prefiltered on board through 100 μm pore mesh and stored in acid-washed carboys and kept on dark until subsampling at the laboratory.

Área de Estudio Water samples were taken at Fildes Bay, King George Island, Antarctica, on 7 and 8 February 2012

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. For photosynthetic eukaryote identification, plastidial 16S rRNA PCR products (in triplicates) were obtained using primer pair PLA491F–OXY1313, purified using Zymoclean kit (Zymo Research) and checked on an Agilent Bioanalzyer DNA1000 chip for the absence of primer dimers, and quantified using a PicoGreen dsDNA quantitation reagent (Invitrogen). Equal amount of purified PCR products were pooled for subsequent 454 pyrosequencing using a Roche GS-FLX Junior.
  2. For bacterial identification, general 16S rRNA PCR products (in triplicates) were obtained using primers 515Fseq and 806rcbc (Caporaso et al.2011) following conditions from Earth Microbiome Project (EMP) (Gilbert, Jansson and Knight 2014). Illumina primer constructs were obtained from EMP also. Amplicons were quantified using KAPA Library Quantification Kit (KAPA Biosystem) and sequenced using Illumina Miseq following Caporaso et al. (2012) protocol. 12 pM of qPCR quantified amplicons pool were sequenced using a 300 cycles Illumina Miseq kit.

Referencias bibliográficas

  1. Moreno-Pino, M., De la Iglesia, R., Valdivia, N., Henríquez-Castilo, C., Galán, A., Díez, B., & Trefault, N. (2016). Variation in coastal Antarctic microbial community composition at sub-mesoscale: spatial distance or environmental filtering?. FEMS microbiology ecology, 92(7). doi: 10.1093/femsec/ w088

Metadatos adicionales

Identificadores alternativos 9fe229a7-9015-40a7-a212-e63ca57f9828
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbes_fildes_bay_antarctica