Microbes (16S and 18S rRNA genes) from benthic Antarctic sediments

Последняя версия опубликована SCAR - Microbial Antarctic Resource System Mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) of microbial communities (16S and 18S rRNA genes) in 24 samples from benthic Antarctic sediments

Загрузки

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (10 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (9 KB)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Learman D, Henson M, Thrash C, Temperton B, Brannock P, Santos S, Mahon A, Halanych K (2019): Microbes (16S and 18S rRNA genes) from benthic Antarctic sediments. v1.2. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbes_in_benthic_antarctic_sediments&v=1.2

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 3a0fa23f-411a-49ec-96ed-3ee8cf7d5696.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Кто является создателем ресурса:

Deric Learman
Central Michigan University Mt. Pleasant US
Michael Henson
Louisiana State University Baton Rouge US
Cameron Thrash
Louisiana State University Baton Rouge US
Ben Temperton
University of Exeter Exeter GB
Pamela Brannock
Auburn University Auburn US
Scott Santos
Auburn University Auburn US
Andrew Mahon
Central Michigan University Mt. Pleasant US
Kenneth Halanych
Auburn University Auburn US

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Deric Learman
Central Michigan University Mt. Pleasant US

Кем заполнены метаданные:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute for Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels BE

Кто еще связан с данным ресурсом:

User

Географический охват

Southern Ocean marine sediment samples (Antarctica)

Ограничивающие координаты Юг Запад [-76.55, -102.159], Север Восток [-62.535, 170]

Таксономический охват

Bacteria and Archaea (16S ssu rRNA gene, v4 region)

Domain  Bacteria (Bacteria),  Archaea (Archaea)

Eukaryotes (18S ssu rRNA gene, v4 region)

Domain  Eukaryota (Eukaryotes)

Временной охват

Дата начала 2014-01-01

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название Microbes (16S and 18S rRNA genes) from benthic Antarctic sediments
Финансирование Funds through NSF Antarctic Program: Award Number 1043670 and 1043745, and from Central Michigan University Faculty Research and Creative Endeavors Committee and College of Science and Technology.

Исполнители проекта:

Deric Learman

Методы сбора

Samples were collected on the Antarctic shelf at depths ranging from 223 to 820 m. The top 3 cm of sediments were transferred into sampling tubes and stored frozen (−80°C). Samples were shipped frozen to Central Michigan University within 3 months of collection.

Охват исследования Surface sediment samples were collected from the continental shelf of Antarctica during two research cruises. The first cruise (Dec. 2013–Feb. 2014, RVIB Nathaniel B. Palmer) sampled Western Antarctica, which includes the Amundsen Sea, Bellingshausen Sea, and Ross Sea, using a multicorer. The second cruise (Nov.–Dec. 2014, ASRV Laurence M. Gould) sampled the Antarctic Peninsula using a box corer.

Описание этапа методики:

  1. DNA was extracted using a PowerSoil DNA extraction kit (MoBio) following the manufacturer's protocol. Approximately 4–8 extractions were completed on each sediment sample and pooled and concentrated with a DNA Clean and Concentrator kit (Zymo) due to low yields from some of the samples. DNA was then quantified using the Qubit2.0 Fluorometer (Life Technologies) and stored at −20°C. Bacterial and archaeal sequences were generated from the V4 region of 16S rRNA gene using the primer set 515f and 806r while eukaryotic sequences were obtained with the V4 region of the 18S rRNA gene using the primer set 1391r and EukBR. Resulting amplicons were sequenced on an Illumina MiSeq as paired-end (PE) reads of 250-bp at Michigan State University's (MSU) Research Technology Support Facility (RTSF) Genomics Core.

Библиографические ссылки

  1. Learman, D. R., Henson, M. W., Thrash, J. C., Temperton, B., Brannock, P. M., Santos, S. R., ... & Halanych, K. M. (2016). Biogeochemical and microbial variation across 5500 km of Antarctic surface sediment implicates organic matter as a driver of benthic community structure. Frontiers in microbiology, 7, 284.

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы 3a0fa23f-411a-49ec-96ed-3ee8cf7d5696
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbes_in_benthic_antarctic_sediments