V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island

Métadonnées uniquement
Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le mars 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
19 mars 2019
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq 250bp PE) of soil bacteria (16S ssu rRNA gene, v3-v4) on King George Island and Deception Island (Antarctica)

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Chua C, Yong S, Gonzalez M, Lavin P, Cheah Y, Tan G, Wong C (2019): V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island&v=1.1

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

C. Chua
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
S. Yong
  • Créateur
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
M. Gonzalez
  • Créateur
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
P. Lavin
  • Créateur
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
Y. Cheah
  • Créateur
Universiti Putra Malaysia
43400 Serdang
MY
G. Tan
  • Créateur
University of Malaya
88400 Kuala Lumpur
MY
C. Wong
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
Maxime Sweetlove
  • Fournisseur Des Métadonnées
Research assistent
Royal Belgian Institute for Naturals Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels

Couverture géographique

King George Island and Deception Island, Antarctica

Enveloppe géographique Sud Ouest [-62,99, -60,68], Nord Est [-62,19, -58,94]

Couverture taxonomique

Bacteria, 16S ssu rRNA gene, v3-v4 region

Domain Bacteria (Bacteria)

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island
Financement his work was supported by the Ministry of Science, Technology and Innovation (MOSTI), Malaysia under the Flagship project FP0712E012.

Les personnes impliquées dans le projet:

C. Chua

Méthodes d'échantillonnage

Samples were stored at –20°C immediately after sampling.

Etendue de l'étude Soil samples were collected from King George Island (S62°11′35.3′′; W58°56′6.2′′) and Deception Island (S62°59′023′′; W60°40′51.7′′), Antarctica in February 2007.

Description des étapes de la méthode:

  1. Total bacterial genomic DNA was extracted from soils using the method described in Zhou et al. (1996) DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol., 62(2), 316–322.
  2. The concentration and purity of the extracted genomic DNA were measured using the NanoDropTM 2000 spectrophotometer (Thermo Scientific Inc., Waltham, MA, USA).
  3. The V3–V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was amplified using locus-specific primers, S-DBact-0341-b- S-17 (5′-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGC WGC AG-3′)and S-D-Bact-0785-a-A-21 (5′-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3′). The 16S rDNA amplicons were subjected to paired-end sequencing on Illumina MiSeq platform using 2 × 250 bp MiSeq Reagent Kit v2 (Illumina® Inc., San Diego, California).

Citations bibliographiques

  1. Chua, C. Y., Yong, S. T., González, M. A., Lavin, P., Cheah, Y. K., Tan, G. Y. A., & Wong, C. M. V. L. (2018). Analysis of bacterial communities of King George and Deception Islands, Antarctica using high-throughput sequencing. CURRENT SCIENCE, 115(9), 1701.

Métadonnées additionnelles

Identifiants alternatifs fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island