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Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample

Version 1.0 Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le Feb 4, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Seven assembled metagenoms from a metagenomic sequencing (Illumina HiSeq; paired-end) sample taken during a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean)

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Comment citer

Veuillez noter qu'il s'agit d'une ancienne version du jeu de données.  Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Delmont T, Eren M, Veneis J, Post A (2019): Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. http://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Personne ayant créé cette ressource:

Tom Delmont
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution Woods Hole US
Murat Eren
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution Woods Hole US
Joseph Veneis
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution Woods Hole US
Anton Post
University of Rhode Island Narragansett US

Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:

Tom Delmont
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution Woods Hole US

Personne ayant renseigné les métadonnées:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels BE

Autres personnes associées à la ressource:

Utilisateur

Couverture géographique

Amundsen Sea, Southern Ocean

Enveloppe géographique Sud Ouest [-73.342, -112.401], Nord Est [-73.342, -112.401]

Couverture temporelle

Date de début 2010-12-19

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre ASPIRE Microbiome
Financement This work was performed with financial support from NSF Antarctic Sciences awards ANT-1142095.

Les personnes impliquées dans le projet:

Anton Post

Méthodes d'échantillonnage

A sample was taken from the surface water layer in the center of a bloom (073° 34′243S 112° 40′080W, chlorophyll a > 17 μg/L, temperature of −1.2°C, phosphate: 1.31 μM, nitrite: 0.02 μM, ammonium: 0.05 μM, silicate: 77.8 μM) on 19 December 2010. This sample (6 l, 10 m depth) was passed over a 20 μm mesh, collected onto a 0.2 μm Sterivex membrane filter cartridge by pressure filtration, quickly frozen in the headspace of a LN2 dewar and stored at −80°C.

Etendue de l'étude Water samples were taken with a CTD Rosette equipped during a phytoplankton bloom event in the ASP in 2010–2011.

Description des étapes de la méthode:

  1. DNA extraction was performed using the Puregene kit (Gentra) after disruption of the cells with lytic enzyme coupled to proteinase K (Sinigalliano et al., 2007). DNA was quantified using a Nanodrop 2000 instrument (Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE).
  2. Metagenomic libraries were generated with the OVATION ultralow kit (NuGen) using 100 ng of DNA and 8 amplification cycles. We constructed overlapping (2X100 nt with ~40 nt of overlap) and gapped (2X108 nt with an insert size of ~600 nt) metagenomic DNA libraries using a Pippin prep electrophoresis platform to precisely select the desired length for DNA fragments to be used for sequencing on a Hiseq platform (Illumina).

Citations bibliographiques

  1. Delmont, T. O., Eren, A. M., Vineis, J. H., & Post, A. F. (2015). Genome reconstructions indicate the partitioning of ecological functions inside a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea, Antarctica. Frontiers in microbiology, 6, 1090.

Métadonnées additionnelles

Identifiants alternatifs http://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome