Global biogeography of desert cyanobacteria

Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le mars 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
19 mars 2019
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Amplicon sequencing dataset (454 pyrosequencing) of Bacteria (16S ssu rRNA) and Cyanobacteria (nifH) in cold desert quartz rocks

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Lacap-bugler D, Lee K, Archer S, Gillman L, Lau M, Leuzinger S, Lee C, Maki T, McKay C, Perrott J, de los Rios-Murillo A, Warren-Rhodes K, Hopkins D, Pointing S (2018): Global biogeography of desert cyanobacteria. v1.4. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=desert_cyanobacteria&v=1.4

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 914f39c7-7bb2-4e77-a4ae-36147aa07daf.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Donnabella Lacap-bugler
  • Créateur
  • Personne De Contact
Auckland University of Technology
Auckland
NZ
Kevin Lee
  • Créateur
Auckland University of Technology
Auckland
NZ
Stephen Archer
  • Créateur
Auckland University of Technology
Auckland
NZ
Len Gillman
  • Créateur
Auckland University of Technology
Auckland
NZ
Maggie Lau
  • Créateur
Princeton University
Princeton
US
Sebastian Leuzinger
  • Créateur
Auckland University of Technology
Auckland
NZ
Charles Lee
  • Créateur
University of Waikato
Hamilton
NZ
Teruya Maki
  • Créateur
Kanazawa University
Kanazawa
JP
Christoffer McKay
  • Créateur
National Aeronautics and Space Administration Ames Research Center
Moffett Field
US
John Perrott
  • Créateur
Auckland University of Technology
Auckland
NZ
Asunción de los Rios-Murillo
  • Créateur
Museo Nacional de Ciencias Naturales
Madrid
ES
Kimberley Warren-Rhodes
  • Créateur
Kanazawa University
Kanazawa
JP
David Hopkins
  • Créateur
The Royal Agricultural University
Cirencester
GB
Stephen Pointing
  • Créateur
Auckland University of Technology
Auckland
NZ
Maxime Sweetlove
  • Fournisseur Des Métadonnées
Research assistent
Royal Belgian Institute for Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels

Couverture géographique

Tibetan Plateau, China; Taklimakan Desert, China; Devon Island (Arctic), Canada; McMurdo Dry Valleys, Antarctica

Enveloppe géographique Sud Ouest [-77,41, 88,616], Nord Est [42,715, 161,193]

Couverture taxonomique

Bacteria (16S ssu rRNA) and Cyanobacteria (nifH)

Domain Bacteria (Bacteria)
Phylum Cyanobacteria (Cyanobacteria)

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Global biogeography of desert cyanobacteria
Financement The research was funded by the NASA Astrobiology Science and Technology for Exploring Planets (ASTEP) program and the Institute for Applied Ecology New Zealand (www.aenz.aut.ac.nz).

Les personnes impliquées dans le projet:

Donnabella Lacab-bugler

Méthodes d'échantillonnage

Colonized quartz stones were retrieved by hand (using isopropyl alcohol surface sterilized latex gloves) and loose soil particles gently removed with a sterile (autoclaved) paintbrush. Samples were then stored in sterile Whirlpak bags (Nasco) at -20°C in the field and in transit, and subsequently stored frozen at -80°C in the laboratory until processed.

Etendue de l'étude Hypolithic communities were recovered from quartz substrate in desert pavement on the Tibetan Plateau (China), the Taklimakan Desert (China), Devon Island (Canada) and the McMurdo Dry Valleys (Antarctica).

Description des étapes de la méthode:

  1. Amplification of 16S rRNA genes was achieved using primer pair 341F and 907R with PCR conditions involving an initial denaturation time of 5min; 30 cycles at 95°C for 1 min, 55°C for 1 min, 72°C for 1 min, and a final extension at 72°C for 10 min. Positive and negative controls were run for every PCR. For each amplicon library purification was carried out with Agencourt AMPure XP Bead (Beckman Coulter, CA, USA) according to manufacturer’s instructions. The libraries were quantified with Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit (Invitrogen Life Technologies, NY, USA) using FLUOstar OPTIMA F fluorometer (BMG Labtech GmbH, Offenburg, Germany) and library quality was assessed with the FlashGel System (Lonza Group Ltd., Basel, Switzerland).
  2. Emulsion-PCR was carried out with GS Junior Titanium emPCR Kit (Lib-L, 454 Life Sciences Corp., CT, USA) according to the emPCR Amplification Method Manual – Lib-L, Single-Prep. The sequencing reaction was carried out with the GS Junior Titanium Sequencing Kit and GS Junior Titanium PicoTiterPlate Kit (454 Life Sciences Corp.) according to the manufacturer’s instructions. The sequencing run was conducted in 200 cycles.

Citations bibliographiques

  1. Lacap-Bugler, D. C., Lee, K. K., Archer, S., Gillman, L. N., Lau, M. C., Leuzinger, S., ... & de los Rios-Murillo, A. (2017). Global diversity of desert hypolithic cyanobacteria. Frontiers in microbiology, 8, 867.

Métadonnées additionnelles

Identifiants alternatifs 914f39c7-7bb2-4e77-a4ae-36147aa07daf
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=desert_cyanobacteria