virome_antarctic_lakes_2010

Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le juin 17, 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
17 juin 2021
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Virome dataset based on shotgun 454 sequencing of virus-concentrated samples from lakes in the Antarctic Peninsula (2010).

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

de Carcer D A, Lopez-Bueno A, Alonso-Lobo J, Quesada A, Alcami A (2021): virome_antarctic_lakes_2010. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=virome_antarctic_lakes_2010&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 9c226382-bbf8-420c-bfcc-bb417be1f181.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Daniel Aguire de Carcer
  • Créateur
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Alberto Lopez-Bueno
  • Créateur
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Juan Alonso-Lobo
  • Créateur
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Antonio Quesada
  • Créateur
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Antonio Alcami
  • Créateur
  • Utilisateur
  • Personne De Contact
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Maxime Sweetlove
  • Fournisseur Des Métadonnées
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Couverture géographique

Antarctic Peninsula: Caleta Cierva, Avian Island, Green Island, Pourquoi Pas Island and Livingston Island (South Shetland Islands)

Enveloppe géographique Sud Ouest [-67,46, -68,54], Nord Est [-62,38, -60,58]

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2010-01-21 / 2010-01-28

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre virome_antarctic_lakes_2010
Financement "Análisis metagenómico de las comunidades virales de 7 lagos de la Antártida" (Grant ID CTM2009-08644-E, Spanish Polar Programme and the Spanish Ministry of Economy and Competitiviness)

Les personnes impliquées dans le projet:

Antonio Alcami

Méthodes d'échantillonnage

Water samples were preserved at 4°C and viral particles purified within the first 24 h of sampling. From each water body, 60–90 l were first filtered through a 30 μm nylon mesh to remove large particles, and then by tangential flow filtration (TFF) using a peristaltic pump coupled to a Centramate holder (Pall) with two cassettes of 0.45 μm (2 × 0.019 m2, PES) to remove bacteria and smaller eukaryotes.

Etendue de l'étude Samples were taken from several freshwater bodies in the Antarctic Peninsula during the Austral summer 2010.

Description des étapes de la méthode:

  1. The filtrated viral fraction was concentrated 100 times by TFF with two cassettes of 70 kDa exclusion size at pressures below 10 p.s.i., in order to maintain viral particle integrity. Viral stocks were preserved at −20°C for transportation, and finally stored at −80°C before subsequent processing. All material was acid-rinsed (0.1 N HCl) and extensively washed with Milli Q or 70 kDa-filtered lake water.
  2. Frozen stocks were thawed at 4°C with gentle rocking, and then passed through a 25% sucrose cushion by centrifugation for 16 h at 60 000 g and 4°C. The resulting pellets were resuspended in TE buffer (10 mM Tris pH 8, 1 mM EDTA), and filtered using a sterile 0.45 μm syringe filter. Viral concentrates were then treated with DNAse I (500 U ml−1), Nuclease S7 (500 U ml−1), RNAse A (100 μg ml−1) and RNAse H (2 U per reaction) for 30 min at room temperature to remove free nucleic acids. Nuclease reactions were stopped with EDTA and EGTA (12 and 2 mM, respectively), and viral capsids and envelopes were then disrupted with SDS (0.5%) and proteinase K (200 μg ml−1) treatment.
  3. Viral DNA was extracted with phenol–chloroform, ethanol precipitated and randomly amplified using Phi29 polymerase and modified random hexamers (GenomiPhi HY, GE Healthcare) for 2.5 h, according to the manufacturer's instructions. The samples were subsequently shot-gun sequenced with a Roche 454 FLX sequencer (Parque Científico de Madrid).

Citations bibliographiques

  1. de Cárcer A. D., López-Bueno A., Alonso-Lobo J. M., Quesada A., & Alcamí A. (2016). Metagenomic analysis of lacustrine viral diversity along a latitudinal transect of the Antarctic Peninsula. FEMS microbiology ecology, 92(6), fiw074.

Métadonnées additionnelles