Bacteria on mummified seals in the Antarctic Dry Valleys

Última versión Publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System en Mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Amplicon dataset of Bacteria (16S ssu rRNA) living around mummified seal carcasses in the Antarctic Dry Valleys

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Tiao G, Lee C, McDonald I, Cowan D, Cary C (2019): Bacteria on mummified seals in the Antarctic Dry Valleys. v1.2. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_dry_valley_mummified_seal_microbiome&v=1.2

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

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Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: a3fb3af6-724d-4de3-ace8-4fa21cc729ed.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras Clave

Metadata

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Grace Tiao
University of Waikato Hamilton NZ
Charles Lee
University of Waikato Hamilton NZ
Ian McDonald
University of Waikato Hamilton NZ
Donald Cowan
University of the Western Cape Cape Town ZA
Craig Cary
University of Waikato Hamilton NZ

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Grace Tiao
University of Waikato Hamilton NZ

¿Quién documentó los metadatos?:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute for Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Usuario

Cobertura Geográfica

soil samples from under and around mummified crabeater seal near Lake Miers (S 78°05′36″, E 163°51′22″), Miers Valley, Victoria Land, Antarctica, that was transported to a similar site 20 m north.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-78.933, 163.856], Latitud Máxima Longitud Máxima [-78.933, 163.856]

Cobertura Taxonómica

Amplicin sequencing of Bacteria (16S ssu rRNA gene)

Dominio  Bacteria (Bacteria)

Cobertura Temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2005-01-15 / 2009-01-15

Datos del Proyecto

No hay descripción disponible

Título Seal Movement
Fuentes de Financiación This work was supported through grants from the New Zealand Foundation for Research Science and Technology, Antarctica New Zealand, and the National Science Foundation (OPP-0739648 and 0944560). Additional support was provided by a George Peabody Gardner Fellowship, by the New Zealand Foundation for Research, Science and Technology Postdoctoral Research Fellowship and the New Zealand Marsden Foundation (UOW1003).

Personas asociadas al proyecto:

Grace Tiao

Métodos de Muestreo

Soil samples (>10 g each) were collected aseptically at a depth of 0.05m. Samples were stored in sterile plastic containers at −80 °C until analysis.

Área de Estudio On 30 January 2006, a mummified crabeater seal was carried from its original resting site near Lake Miers (S 78°05′36″, E 163°51′22″), Miers Valley, Victoria Land, Antarctica, to a new site of similar geomorphology 20 m north. Samples for amplicon sequencing were taken from the original site before transportation (austral summer 2005), the new site before transportation (control, austral summer 2006), and the new site after incubation (austral summer 2009)

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. 16S rRNA gene were generated using the primer pair Tx9 (5′-GGATTAGAWACCCBGGTAGTC-3′) and 1391R (5′-GACGGGCRGTGWGTRCA-3′). PCR was performed in triplicate and pooled to reduce stochastic variability between reactions. Each 30 μl reaction contained 5 or 20 ng of extracted community DNA, Pfx polymerase and platinum polymerase (0.5 U each; Invitrogen), 1× Pfx PCR buffer with Pfx enhancer, 0.2 mM dNTPs, 1 mM MgCl2, 0.02 mg ml−1 BSA, 0.8 μM of forward and reverse primer, and PCR-grade water. Thermal cycling conditions were 94 °C for 2 min; 18 or 24 cycles of 94 °C for 15 s, 55 °C for 30 s and 68 °C for 1 min; and 68 °C for 3 min.
  2. Amplicons were size-selected and purified using polyacrylamide gel electrophoresis before being prepared for pyrosequencing by Taxon Biosciences (Tiburon, CA, USA).

Referencias Bibliográficas

  1. Tiao, G., Lee, C. K., McDonald, I. R., Cowan, D. A., & Cary, S. C. (2012). Rapid microbial response to the presence of an ancient relic in the Antarctic Dry Valleys. Nature Communications, 3, 660.

Metadatos Adicionales

Identificadores Alternativos a3fb3af6-724d-4de3-ace8-4fa21cc729ed
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_dry_valley_mummified_seal_microbiome