Microbiome (Archaea, Bacteria and Eukaryota) of lake Fryxell and lake Bonney (McMurdo Dry Valleys, Antarctica)

最新バージョン SCAR - Microbial Antarctic Resource System によって公開 Mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Amplicon sequencing dataset (454 pyrosequencing) of Archaea (16S), Bacteria (16S) and Eukaryote (18S) in the water column of lake Fryxell and Lake Bonney, in the McMurdo Dry valleys (Antarctica).

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バージョン

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引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Vick-Majors T, Priscu J, Amaral-Zettler L (2019): Microbiome (Archaea, Bacteria and Eukaryota) of lake Fryxell and lake Bonney (McMurdo Dry Valleys, Antarctica). v1.2. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbiome_mc_murdo_dry_valley_lakes_antarctica&v=1.2

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 4b44031f-2271-48a8-b3d9-43b90768e071が割り当てられています。   Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Metadata

連絡先

リソースを作成した人:

Trista Vick-Majors
Montana State University Bozeman US
John Priscu
Montana State University Bozeman US
Linda Amaral-Zettler
he Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution Woods Hole US

リソースに関する質問に答えることができる人:

Trista Vick-Majors
Montana State University Bozeman US

メタデータを記載した人:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels BE

他に、リソースに関連付けられていた人:

データ利用者

地理的範囲

Lake Fryxell and lake Bonney, McMurdo Dry Valleys, Antarctica

座標(緯度経度) 南 西 [-77.72, 162.297], 北 東 [-77.72, 163.146]

生物分類学的範囲

Archaea were profiled by targeting the v6 region of the 16S ssu rRNA gene

Domain  Archaea (Archaea)

Bacteria were profiled by targeting the v6 region of the 16S ssu rRNA gene

Domain  Bacteria (Bacteria)

Eukaryota were profiled by targeting the v9 region of the 18S ssu rRNA gene

Domain  Eukaryota (Eukaryotes)

時間的範囲

開始日 / 終了日 2007-11-22 / 2008-03-25

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル MIRADA-LTERS
ファンデイング Funding was provided by NSF DEB-0717390 (MIRADA-LTERS) and OPP-1115254, OPP-0838953, OPP-1027284 and OPP- 0839075. The Montana Space Grant Consortium provided additional funding.

プロジェクトに携わる要員:

Trista Vick-Majors

収集方法

Duplicate samples were collected at depths of 6 m (bacterial and primary production maximum) and 9 m (chemocline; chlorophyll-a maximum) in lake Fryxell (2 November 2007 and 25 March 2008) and 13 m (chemocline; bacterial production, chlorophyll-a, primary production maximum) and 18 m (hypersaline, bottom of trophogenic zone) in lake Bonney (west Lobe; 30 November 2007 and 12 March 2008). Samples for DNA extraction were filtered onto 0.2-μM Sterivex filters (Millipore, Billerica, MA, USA) and stored with 2.0 ml of Puregene lysis buffer at −20 °C until further processing.

Study Extent Sampling occurred during the Austral summer and autumn in lake Fryxell and lake Bonney, Antarctica

Method step description:

  1. DNA extraction protocols can be found at http://amarallab.mbl.edu.
  2. The V6 hypervariable regions of Archaa and bacteria were amplified, while for Eukaryota, amplification of the V9 hypervariable region followed established protocols (Amaral-Zettler et al., 2009). We multiplex-sequenced the resulting amplicons using bar-coded primers (Huber et al., 2007; Amaral-Zettler et al., 2009) on a 454 Genome Sequencer FLX (Roche, Switzerland) using the manufacturer’s recommended protocol.

書誌情報の引用

  1. Vick-Majors, T. J., Priscu, J. C., & Amaral-Zettler, L. A. (2014). Modular community structure suggests metabolic plasticity during the transition to polar night in ice-covered Antarctic lakes. The ISME journal, 8(4), 778.
  2. Xu, Y., Vick-Majors, T., Morgan-Kiss, R., Priscu, J. C., & Amaral-Zettler, L. (2014). Ciliate diversity, community structure, and novel taxa in lakes of the McMurdo Dry Valleys, Antarctica. The Biological Bulletin, 227(2), 175-190.

追加のメタデータ

代替識別子 4b44031f-2271-48a8-b3d9-43b90768e071
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbiome_mc_murdo_dry_valley_lakes_antarctica