Microbiome (Archaea, Bacteria and Eukaryota) of lake Fryxell and lake Bonney (McMurdo Dry Valleys, Antarctica)

Последняя версия опубликована SCAR - Microbial Antarctic Resource System Mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Amplicon sequencing dataset (454 pyrosequencing) of Archaea (16S), Bacteria (16S) and Eukaryote (18S) in the water column of lake Fryxell and Lake Bonney, in the McMurdo Dry valleys (Antarctica).

Загрузки

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (9 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (11 KB)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Vick-Majors T, Priscu J, Amaral-Zettler L (2019): Microbiome (Archaea, Bacteria and Eukaryota) of lake Fryxell and lake Bonney (McMurdo Dry Valleys, Antarctica). v1.2. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbiome_mc_murdo_dry_valley_lakes_antarctica&v=1.2

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 4b44031f-2271-48a8-b3d9-43b90768e071.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Кто является создателем ресурса:

Trista Vick-Majors
Montana State University Bozeman US
John Priscu
Montana State University Bozeman US
Linda Amaral-Zettler
he Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution Woods Hole US

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Trista Vick-Majors
Montana State University Bozeman US

Кем заполнены метаданные:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels BE

Кто еще связан с данным ресурсом:

User

Географический охват

Lake Fryxell and lake Bonney, McMurdo Dry Valleys, Antarctica

Ограничивающие координаты Юг Запад [-77.72, 162.297], Север Восток [-77.72, 163.146]

Таксономический охват

Archaea were profiled by targeting the v6 region of the 16S ssu rRNA gene

Domain  Archaea (Archaea)

Bacteria were profiled by targeting the v6 region of the 16S ssu rRNA gene

Domain  Bacteria (Bacteria)

Eukaryota were profiled by targeting the v9 region of the 18S ssu rRNA gene

Domain  Eukaryota (Eukaryotes)

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2007-11-22 / 2008-03-25

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название MIRADA-LTERS
Финансирование Funding was provided by NSF DEB-0717390 (MIRADA-LTERS) and OPP-1115254, OPP-0838953, OPP-1027284 and OPP- 0839075. The Montana Space Grant Consortium provided additional funding.

Исполнители проекта:

Trista Vick-Majors

Методы сбора

Duplicate samples were collected at depths of 6 m (bacterial and primary production maximum) and 9 m (chemocline; chlorophyll-a maximum) in lake Fryxell (2 November 2007 and 25 March 2008) and 13 m (chemocline; bacterial production, chlorophyll-a, primary production maximum) and 18 m (hypersaline, bottom of trophogenic zone) in lake Bonney (west Lobe; 30 November 2007 and 12 March 2008). Samples for DNA extraction were filtered onto 0.2-μM Sterivex filters (Millipore, Billerica, MA, USA) and stored with 2.0 ml of Puregene lysis buffer at −20 °C until further processing.

Охват исследования Sampling occurred during the Austral summer and autumn in lake Fryxell and lake Bonney, Antarctica

Описание этапа методики:

  1. DNA extraction protocols can be found at http://amarallab.mbl.edu.
  2. The V6 hypervariable regions of Archaa and bacteria were amplified, while for Eukaryota, amplification of the V9 hypervariable region followed established protocols (Amaral-Zettler et al., 2009). We multiplex-sequenced the resulting amplicons using bar-coded primers (Huber et al., 2007; Amaral-Zettler et al., 2009) on a 454 Genome Sequencer FLX (Roche, Switzerland) using the manufacturer’s recommended protocol.

Библиографические ссылки

  1. Vick-Majors, T. J., Priscu, J. C., & Amaral-Zettler, L. A. (2014). Modular community structure suggests metabolic plasticity during the transition to polar night in ice-covered Antarctic lakes. The ISME journal, 8(4), 778.
  2. Xu, Y., Vick-Majors, T., Morgan-Kiss, R., Priscu, J. C., & Amaral-Zettler, L. (2014). Ciliate diversity, community structure, and novel taxa in lakes of the McMurdo Dry Valleys, Antarctica. The Biological Bulletin, 227(2), 175-190.

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы 4b44031f-2271-48a8-b3d9-43b90768e071
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbiome_mc_murdo_dry_valley_lakes_antarctica