Bacterioplankon from lakes on Byers Peninsula (2008)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Picazo A, Rochera C, Villaescusa J A, Javier Miralles-Lorenzo J, Velazquez D, Quesada A, Camacho A (2021): Bacterioplankon from lakes on Byers Peninsula (2008). v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=bacterioplankon_byers_peninsula_lakes_2008&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 625b1148-c88d-459b-b3e7-d7504cc6d97d.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Географический охват

Lakes from Beyers Peninsula (Antarctica)

Временной охват

Данные проекта

Описание отсутсвует

Исполнители проекта:

Методы сбора

Samples in all lakes were obtained from surface depths (0.5–1 m), and approximately in the center of the lake. Samples were then filtered with a vacuum system onto 0.2 μm polycarbonate filters (Nucleopore, Whatman) and stored frozen (−20°C) in Allprotect Tissue Reagent (QIAGEN).

Описание этапа методики:

1. DNA extraction from each filter was performed with the EZNA Soil DNA isolation kit (Omega Bio-Tek, Inc., Norcross, GA, United States) following the instructions given by the supplier. Sequencing of the region V4 of the 16S rRNA gene was done using the Illumina MiSeq system (2×250 bp) at the genomics facilities of the Research Technology Support Facility of the Michigan State University, United States. For each sample, Illumina compatible, dual indexed amplicon libraries of the 16S-V4 rRNA hypervariable region were created with primers 515f/806r. PCR reactions are composed of 5 μL of 4 μM equimolar primer set, 0.15 μL of AccuPrime Taq DNA High Fidelity Polymerase, 2 μL of 10× AccuPrime PCR Buffer II (Thermo Fisher Scientific, catalog no. 12346094), 11.85 μL of PCR-grade water, and 1 μL of DNA template. The PCR conditions used consisted of 2 min at 95°C, followed by 30 cycles of 95°C for 20 s, 55°C for 15 s, and 72°C for 5 min, followed by 72°C for 10 min.
2. Completed libraries were batch normalized using Invitrogen SequalPrep DNA Normalization Plates. The DNA was sequenced on an 2x250bp Illumina MiSeq v2 flow cell using a MiSeq v2 500 cycle reagent cartridge.

Библиографические ссылки

1. Picazo, A., Rochera, C., Villaescusa, J. A., Miralles-Lorenzo, J., Velázquez, D., Quesada, A., & Camacho, A. (2019). Bacterioplankton community composition along environmental gradients in lakes from Byers Peninsula (Maritime Antarctica) as determined by Next-Generation Sequencing. Frontiers in microbiology, 10, 908.

Дополнительные метаданные