Somente metadatos

Microorganisms (Bacteria, Archaea and phototroph eukaryotes) from Fildes Bay, King George Island, Antarctica

Versão mais recente publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System em 19 de Março de 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Publication date:
19 de Março de 2019
License:
CC-BY 4.0

Baixe a versão mais recente dos metadados como EML ou RTF:

Metadados como um arquivo EML download em English (10 KB)
Metadados como um arquivo RTF download em English (11 KB)

Descrição

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq and 454 pyrosequencing) of Bacteria and Archaea (16S ssu rRNA gene) and phototroph eukaryotes (16S chloroplast) from sea water in Fildes Bay, King George Island, Antarctica

Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Como citar

Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:

Moreno-Pino M, De la Iglesia R, Valdivia N, Hendriquez-Castilo C, Galan A, Diez B, Trefault N (2019): Microorganisms (Bacteria, Archaea and phototroph eukaryotes) from Fildes Bay, King George Island, Antarctica. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbes_fildes_bay_antarctica&v=1.1

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF Registration

Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: 9fe229a7-9015-40a7-a212-e63ca57f9828.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palavras-chave

Metadata

Contatos

Quem criou esse recurso:
-

Mario Moreno-Pino
Universidad Mayor
Santiago
CL
Rodrigo De la Iglesia
Pontificia Universidad Catolica de Chile
Santiago
CL
Nelson Valdivia
Universidad Australe de Chile
Valdivia
CL
Carlos Hendriquez-Castilo
Pontificia Universidad Catolica de Chile
Santiago
CL
Alexander Galan
Universidad Catolica de la Santisima Concepcion
Talcahuano
CL
Beatriz Diez
Universidad Catolica de Chile
Santiago
CL
Nicole Trefault
Universidad Mayor
Santiago
CL

Quem pode responder a perguntas sobre o recurso:

Mario Moreno-Pino
Universidad Mayor
Santiago
CL
Nicole Trefault
Universidad Mayor
Santiago
CL

Quem preencher os metadados:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Quem mais foi associado com o recurso:

Usuário

Cobertura Geográfica

Fildes Bay, King George Island, Antarctica

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [-62,29, -58,94], Norte Leste [-62,16, -58,73]

Cobertura Taxonômica

Bacteria and Archaea (16S ssu rRNA gene)

Domínio Bacteria (Bacteria), Archaea (Archaea)

phototrophic eukaryotes, based on the chloroplast 16S ssu rRNA gene

Domínio Eukaryota (algae)

Métodos de Amostragem

Surface water samples (5 m depth) were collected with 5 L Niskin bottles from 17 different locations. Each location was assigned to one of the following four categories: Collins Glacier (‘C’ stations), Nelson Glacier (‘N’ stations), Fildes Bay (‘F’ stations) and Inner Bay (‘IB’ stations). Seawater samples (5 L) were prefiltered on board through 100 μm pore mesh and stored in acid-washed carboys and kept on dark until subsampling at the laboratory.

Área de Estudo Water samples were taken at Fildes Bay, King George Island, Antarctica, on 7 and 8 February 2012

Descrição dos passos do método:

  1. For photosynthetic eukaryote identification, plastidial 16S rRNA PCR products (in triplicates) were obtained using primer pair PLA491F–OXY1313, purified using Zymoclean kit (Zymo Research) and checked on an Agilent Bioanalzyer DNA1000 chip for the absence of primer dimers, and quantified using a PicoGreen dsDNA quantitation reagent (Invitrogen). Equal amount of purified PCR products were pooled for subsequent 454 pyrosequencing using a Roche GS-FLX Junior.
  2. For bacterial identification, general 16S rRNA PCR products (in triplicates) were obtained using primers 515Fseq and 806rcbc (Caporaso et al.2011) following conditions from Earth Microbiome Project (EMP) (Gilbert, Jansson and Knight 2014). Illumina primer constructs were obtained from EMP also. Amplicons were quantified using KAPA Library Quantification Kit (KAPA Biosystem) and sequenced using Illumina Miseq following Caporaso et al. (2012) protocol. 12 pM of qPCR quantified amplicons pool were sequenced using a 300 cycles Illumina Miseq kit.

Citações bibliográficas

  1. Moreno-Pino, M., De la Iglesia, R., Valdivia, N., Henríquez-Castilo, C., Galán, A., Díez, B., & Trefault, N. (2016). Variation in coastal Antarctic microbial community composition at sub-mesoscale: spatial distance or environmental filtering?. FEMS microbiology ecology, 92(7). doi: 10.1093/femsec/ w088

Metadados Adicionais

Identificadores alternativos 9fe229a7-9015-40a7-a212-e63ca57f9828
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbes_fildes_bay_antarctica