Description
Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq 250bp PE) of soil bacteria (16S ssu rRNA gene, v3-v4) on King George Island and Deception Island (Antarctica)
Versions
Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Veuillez noter qu'il s'agit d'une ancienne version du jeu de données. Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Chua C, Yong S, Gonzalez M, Lavin P, Cheah Y, Tan G, Wong C (2019): V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. http://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island&v=1.0
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d. SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.
Mots-clé
Metadata
Contacts
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Couverture géographique
King George Island and Deception Island, Antarctica
Enveloppe géographique | Sud Ouest [-62,99, -60,68], Nord Est [-62,19, -58,94] |
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Couverture taxonomique
Bacteria, 16S ssu rRNA gene, v3-v4 region
Domain | Bacteria (Bacteria) |
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Données sur le projet
Pas de description disponible
Titre | V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island |
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Financement | his work was supported by the Ministry of Science, Technology and Innovation (MOSTI), Malaysia under the Flagship project FP0712E012. |
Les personnes impliquées dans le projet:
Méthodes d'échantillonnage
Samples were stored at –20°C immediately after sampling.
Etendue de l'étude | Soil samples were collected from King George Island (S62°11′35.3′′; W58°56′6.2′′) and Deception Island (S62°59′023′′; W60°40′51.7′′), Antarctica in February 2007. |
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Description des étapes de la méthode:
- Total bacterial genomic DNA was extracted from soils using the method described in Zhou et al. (1996) DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol., 62(2), 316–322.
- The concentration and purity of the extracted genomic DNA were measured using the NanoDropTM 2000 spectrophotometer (Thermo Scientific Inc., Waltham, MA, USA).
- The V3–V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was amplified using locus-specific primers, S-DBact-0341-b- S-17 (5′-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGC WGC AG-3′)and S-D-Bact-0785-a-A-21 (5′-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3′). The 16S rDNA amplicons were subjected to paired-end sequencing on Illumina MiSeq platform using 2 × 250 bp MiSeq Reagent Kit v2 (Illumina® Inc., San Diego, California).
Citations bibliographiques
- Chua, C. Y., Yong, S. T., González, M. A., Lavin, P., Cheah, Y. K., Tan, G. Y. A., & Wong, C. M. V. L. (2018). Analysis of bacterial communities of King George and Deception Islands, Antarctica using high-throughput sequencing. CURRENT SCIENCE, 115(9), 1701.
Métadonnées additionnelles
Identifiants alternatifs | http://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island |
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