virome_antarctic_lakes_2010
Última versión Publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System en 17 de junio de 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Virome dataset based on shotgun 454 sequencing of virus-concentrated samples from lakes in the Antarctic Peninsula (2010).

GBIF EML RTF Versiones Derechos Citar
Descargas

Descargue la última versión de los metadatos como EML o RTF:

Metadatos como un archivo EML descargar en Inglés (9 kB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Inglés (11 kB)
Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

de Carcer D A, Lopez-Bueno A, Alonso-Lobo J, Quesada A, Alcami A (2021): virome_antarctic_lakes_2010. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=virome_antarctic_lakes_2010&v=1.0

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 9c226382-bbf8-420c-bfcc-bb417be1f181.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras Clave

Metadata

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Daniel Aguire de Carcer
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Alberto Lopez-Bueno
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Juan Alonso-Lobo
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Antonio Quesada
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

¿Quién documentó los metadatos?:

Maxime Sweetlove
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Usuario
Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Cobertura Geográfica

Antarctic Peninsula: Caleta Cierva, Avian Island, Green Island, Pourquoi Pas Island and Livingston Island (South Shetland Islands)

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-67,46, -68,54], Latitud Máxima Longitud Máxima [-62,38, -60,58]
Cobertura Temporal
Fecha Inicial / Fecha Final 2010-01-21 / 2010-01-28
Datos del Proyecto

No hay descripción disponible

Título virome_antarctic_lakes_2010
Fuentes de Financiación "Análisis metagenómico de las comunidades virales de 7 lagos de la Antártida" (Grant ID CTM2009-08644-E, Spanish Polar Programme and the Spanish Ministry of Economy and Competitiviness)

Personas asociadas al proyecto:

Antonio Alcami
Métodos de Muestreo

Water samples were preserved at 4°C and viral particles purified within the first 24 h of sampling. From each water body, 60–90 l were first filtered through a 30 μm nylon mesh to remove large particles, and then by tangential flow filtration (TFF) using a peristaltic pump coupled to a Centramate holder (Pall) with two cassettes of 0.45 μm (2 × 0.019 m2, PES) to remove bacteria and smaller eukaryotes.

Área de Estudio Samples were taken from several freshwater bodies in the Antarctic Peninsula during the Austral summer 2010.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. The filtrated viral fraction was concentrated 100 times by TFF with two cassettes of 70 kDa exclusion size at pressures below 10 p.s.i., in order to maintain viral particle integrity. Viral stocks were preserved at −20°C for transportation, and finally stored at −80°C before subsequent processing. All material was acid-rinsed (0.1 N HCl) and extensively washed with Milli Q or 70 kDa-filtered lake water.
  2. Frozen stocks were thawed at 4°C with gentle rocking, and then passed through a 25% sucrose cushion by centrifugation for 16 h at 60 000 g and 4°C. The resulting pellets were resuspended in TE buffer (10 mM Tris pH 8, 1 mM EDTA), and filtered using a sterile 0.45 μm syringe filter. Viral concentrates were then treated with DNAse I (500 U ml−1), Nuclease S7 (500 U ml−1), RNAse A (100 μg ml−1) and RNAse H (2 U per reaction) for 30 min at room temperature to remove free nucleic acids. Nuclease reactions were stopped with EDTA and EGTA (12 and 2 mM, respectively), and viral capsids and envelopes were then disrupted with SDS (0.5%) and proteinase K (200 μg ml−1) treatment.
  3. Viral DNA was extracted with phenol–chloroform, ethanol precipitated and randomly amplified using Phi29 polymerase and modified random hexamers (GenomiPhi HY, GE Healthcare) for 2.5 h, according to the manufacturer's instructions. The samples were subsequently shot-gun sequenced with a Roche 454 FLX sequencer (Parque Científico de Madrid).
Referencias Bibliográficas
  1. de Cárcer A. D., López-Bueno A., Alonso-Lobo J. M., Quesada A., & Alcamí A. (2016). Metagenomic analysis of lacustrine viral diversity along a latitudinal transect of the Antarctic Peninsula. FEMS microbiology ecology, 92(6), fiw074.
Metadatos Adicionales