virome_antarctic_lakes_2010
最新バージョン SCAR - Microbial Antarctic Resource System によって公開 2021/06/17 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Virome dataset based on shotgun 454 sequencing of virus-concentrated samples from lakes in the Antarctic Peninsula (2010).

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引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

de Carcer D A, Lopez-Bueno A, Alonso-Lobo J, Quesada A, Alcami A (2021): virome_antarctic_lakes_2010. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=virome_antarctic_lakes_2010&v=1.0

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 9c226382-bbf8-420c-bfcc-bb417be1f181が割り当てられています。   Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Metadata

連絡先

リソースを作成した人:

Daniel Aguire de Carcer
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Alberto Lopez-Bueno
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Juan Alonso-Lobo
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Antonio Quesada
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

リソースに関する質問に答えることができる人:

Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

メタデータを記載した人:

Maxime Sweetlove
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

他に、リソースに関連付けられていた人:

データ利用者
Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
地理的範囲

Antarctic Peninsula: Caleta Cierva, Avian Island, Green Island, Pourquoi Pas Island and Livingston Island (South Shetland Islands)

座標(緯度経度) 南 西 [-67.46, -68.54], 北 東 [-62.38, -60.58]
時間的範囲
開始日 / 終了日 2010-01-21 / 2010-01-28
プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル virome_antarctic_lakes_2010
ファンデイング "Análisis metagenómico de las comunidades virales de 7 lagos de la Antártida" (Grant ID CTM2009-08644-E, Spanish Polar Programme and the Spanish Ministry of Economy and Competitiviness)

プロジェクトに携わる要員:

Antonio Alcami
収集方法

Water samples were preserved at 4°C and viral particles purified within the first 24 h of sampling. From each water body, 60–90 l were first filtered through a 30 μm nylon mesh to remove large particles, and then by tangential flow filtration (TFF) using a peristaltic pump coupled to a Centramate holder (Pall) with two cassettes of 0.45 μm (2 × 0.019 m2, PES) to remove bacteria and smaller eukaryotes.

Study Extent Samples were taken from several freshwater bodies in the Antarctic Peninsula during the Austral summer 2010.

Method step description:

  1. The filtrated viral fraction was concentrated 100 times by TFF with two cassettes of 70 kDa exclusion size at pressures below 10 p.s.i., in order to maintain viral particle integrity. Viral stocks were preserved at −20°C for transportation, and finally stored at −80°C before subsequent processing. All material was acid-rinsed (0.1 N HCl) and extensively washed with Milli Q or 70 kDa-filtered lake water.
  2. Frozen stocks were thawed at 4°C with gentle rocking, and then passed through a 25% sucrose cushion by centrifugation for 16 h at 60 000 g and 4°C. The resulting pellets were resuspended in TE buffer (10 mM Tris pH 8, 1 mM EDTA), and filtered using a sterile 0.45 μm syringe filter. Viral concentrates were then treated with DNAse I (500 U ml−1), Nuclease S7 (500 U ml−1), RNAse A (100 μg ml−1) and RNAse H (2 U per reaction) for 30 min at room temperature to remove free nucleic acids. Nuclease reactions were stopped with EDTA and EGTA (12 and 2 mM, respectively), and viral capsids and envelopes were then disrupted with SDS (0.5%) and proteinase K (200 μg ml−1) treatment.
  3. Viral DNA was extracted with phenol–chloroform, ethanol precipitated and randomly amplified using Phi29 polymerase and modified random hexamers (GenomiPhi HY, GE Healthcare) for 2.5 h, according to the manufacturer's instructions. The samples were subsequently shot-gun sequenced with a Roche 454 FLX sequencer (Parque Científico de Madrid).
書誌情報の引用
  1. de Cárcer A. D., López-Bueno A., Alonso-Lobo J. M., Quesada A., & Alcamí A. (2016). Metagenomic analysis of lacustrine viral diversity along a latitudinal transect of the Antarctic Peninsula. FEMS microbiology ecology, 92(6), fiw074.
追加のメタデータ