virome_antarctic_lakes_2010
Последняя версия опубликована SCAR - Microbial Antarctic Resource System 17 июня 2021 г. SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Virome dataset based on shotgun 454 sequencing of virus-concentrated samples from lakes in the Antarctic Peninsula (2010).

GBIF EML RTF Версии Права Процитируйте это
Загрузки

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (9 kB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (11 kB)
Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

de Carcer D A, Lopez-Bueno A, Alonso-Lobo J, Quesada A, Alcami A (2021): virome_antarctic_lakes_2010. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=virome_antarctic_lakes_2010&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 9c226382-bbf8-420c-bfcc-bb417be1f181.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Кто является создателем ресурса:

Daniel Aguire de Carcer
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Alberto Lopez-Bueno
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Juan Alonso-Lobo
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Antonio Quesada
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

Кем заполнены метаданные:

Maxime Sweetlove
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Кто еще связан с данным ресурсом:

User
Antonio Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
Географический охват

Antarctic Peninsula: Caleta Cierva, Avian Island, Green Island, Pourquoi Pas Island and Livingston Island (South Shetland Islands)

Ограничивающие координаты Юг Запад [-67,46, -68,54], Север Восток [-62,38, -60,58]
Временной охват
Дата начала / Дата окончания 2010-01-21 / 2010-01-28
Данные проекта

Описание отсутсвует

Название virome_antarctic_lakes_2010
Финансирование "Análisis metagenómico de las comunidades virales de 7 lagos de la Antártida" (Grant ID CTM2009-08644-E, Spanish Polar Programme and the Spanish Ministry of Economy and Competitiviness)

Исполнители проекта:

Antonio Alcami
Методы сбора

Water samples were preserved at 4°C and viral particles purified within the first 24 h of sampling. From each water body, 60–90 l were first filtered through a 30 μm nylon mesh to remove large particles, and then by tangential flow filtration (TFF) using a peristaltic pump coupled to a Centramate holder (Pall) with two cassettes of 0.45 μm (2 × 0.019 m2, PES) to remove bacteria and smaller eukaryotes.

Охват исследования Samples were taken from several freshwater bodies in the Antarctic Peninsula during the Austral summer 2010.

Описание этапа методики:

  1. The filtrated viral fraction was concentrated 100 times by TFF with two cassettes of 70 kDa exclusion size at pressures below 10 p.s.i., in order to maintain viral particle integrity. Viral stocks were preserved at −20°C for transportation, and finally stored at −80°C before subsequent processing. All material was acid-rinsed (0.1 N HCl) and extensively washed with Milli Q or 70 kDa-filtered lake water.
  2. Frozen stocks were thawed at 4°C with gentle rocking, and then passed through a 25% sucrose cushion by centrifugation for 16 h at 60 000 g and 4°C. The resulting pellets were resuspended in TE buffer (10 mM Tris pH 8, 1 mM EDTA), and filtered using a sterile 0.45 μm syringe filter. Viral concentrates were then treated with DNAse I (500 U ml−1), Nuclease S7 (500 U ml−1), RNAse A (100 μg ml−1) and RNAse H (2 U per reaction) for 30 min at room temperature to remove free nucleic acids. Nuclease reactions were stopped with EDTA and EGTA (12 and 2 mM, respectively), and viral capsids and envelopes were then disrupted with SDS (0.5%) and proteinase K (200 μg ml−1) treatment.
  3. Viral DNA was extracted with phenol–chloroform, ethanol precipitated and randomly amplified using Phi29 polymerase and modified random hexamers (GenomiPhi HY, GE Healthcare) for 2.5 h, according to the manufacturer's instructions. The samples were subsequently shot-gun sequenced with a Roche 454 FLX sequencer (Parque Científico de Madrid).
Библиографические ссылки
  1. de Cárcer A. D., López-Bueno A., Alonso-Lobo J. M., Quesada A., & Alcamí A. (2016). Metagenomic analysis of lacustrine viral diversity along a latitudinal transect of the Antarctic Peninsula. FEMS microbiology ecology, 92(6), fiw074.
Дополнительные метаданные
Альтернативные идентификаторы https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=virome_antarctic_lakes_2010