Global biogeography of desert cyanobacteria

Última versión Publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System en Mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Amplicon sequencing dataset (454 pyrosequencing) of Bacteria (16S ssu rRNA) and Cyanobacteria (nifH) in cold desert quartz rocks

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Lacap-bugler D, Lee K, Archer S, Gillman L, Lau M, Leuzinger S, Lee C, Maki T, McKay C, Perrott J, de los Rios-Murillo A, Warren-Rhodes K, Hopkins D, Pointing S (2018): Global biogeography of desert cyanobacteria. v1.4. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=desert_cyanobacteria&v=1.4

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

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Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 914f39c7-7bb2-4e77-a4ae-36147aa07daf.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras Clave

Metadata

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Donnabella Lacap-bugler
Auckland University of Technology Auckland NZ
Kevin Lee
Auckland University of Technology Auckland NZ
Stephen Archer
Auckland University of Technology Auckland NZ
Len Gillman
Auckland University of Technology Auckland NZ
Maggie Lau
Princeton University Princeton US
Sebastian Leuzinger
Auckland University of Technology Auckland NZ
Charles Lee
University of Waikato Hamilton NZ
Teruya Maki
Kanazawa University Kanazawa JP
Christoffer McKay
National Aeronautics and Space Administration Ames Research Center Moffett Field US
John Perrott
Auckland University of Technology Auckland NZ
Asunción de los Rios-Murillo
Museo Nacional de Ciencias Naturales Madrid ES
Kimberley Warren-Rhodes
Kanazawa University Kanazawa JP
David Hopkins
The Royal Agricultural University Cirencester GB
Stephen Pointing
Auckland University of Technology Auckland NZ

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Donnabella Lacap-bugler
Auckland University of Technology Auckland NZ

¿Quién documentó los metadatos?:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute for Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Usuario

Cobertura Geográfica

Tibetan Plateau, China; Taklimakan Desert, China; Devon Island (Arctic), Canada; McMurdo Dry Valleys, Antarctica

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-77.41, 88.616], Latitud Máxima Longitud Máxima [42.715, 161.193]

Cobertura Taxonómica

Bacteria (16S ssu rRNA) and Cyanobacteria (nifH)

Dominio  Bacteria (Bacteria)
Filo  Cyanobacteria (Cyanobacteria)

Datos del Proyecto

No hay descripción disponible

Título Global biogeography of desert cyanobacteria
Fuentes de Financiación The research was funded by the NASA Astrobiology Science and Technology for Exploring Planets (ASTEP) program and the Institute for Applied Ecology New Zealand (www.aenz.aut.ac.nz).

Personas asociadas al proyecto:

Donnabella Lacab-bugler

Métodos de Muestreo

Colonized quartz stones were retrieved by hand (using isopropyl alcohol surface sterilized latex gloves) and loose soil particles gently removed with a sterile (autoclaved) paintbrush. Samples were then stored in sterile Whirlpak bags (Nasco) at -20°C in the field and in transit, and subsequently stored frozen at -80°C in the laboratory until processed.

Área de Estudio Hypolithic communities were recovered from quartz substrate in desert pavement on the Tibetan Plateau (China), the Taklimakan Desert (China), Devon Island (Canada) and the McMurdo Dry Valleys (Antarctica).

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Amplification of 16S rRNA genes was achieved using primer pair 341F and 907R with PCR conditions involving an initial denaturation time of 5min; 30 cycles at 95°C for 1 min, 55°C for 1 min, 72°C for 1 min, and a final extension at 72°C for 10 min. Positive and negative controls were run for every PCR. For each amplicon library purification was carried out with Agencourt AMPure XP Bead (Beckman Coulter, CA, USA) according to manufacturer’s instructions. The libraries were quantified with Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit (Invitrogen Life Technologies, NY, USA) using FLUOstar OPTIMA F fluorometer (BMG Labtech GmbH, Offenburg, Germany) and library quality was assessed with the FlashGel System (Lonza Group Ltd., Basel, Switzerland).
  2. Emulsion-PCR was carried out with GS Junior Titanium emPCR Kit (Lib-L, 454 Life Sciences Corp., CT, USA) according to the emPCR Amplification Method Manual – Lib-L, Single-Prep. The sequencing reaction was carried out with the GS Junior Titanium Sequencing Kit and GS Junior Titanium PicoTiterPlate Kit (454 Life Sciences Corp.) according to the manufacturer’s instructions. The sequencing run was conducted in 200 cycles.

Referencias Bibliográficas

  1. Lacap-Bugler, D. C., Lee, K. K., Archer, S., Gillman, L. N., Lau, M. C., Leuzinger, S., ... & de los Rios-Murillo, A. (2017). Global diversity of desert hypolithic cyanobacteria. Frontiers in microbiology, 8, 867.

Metadatos Adicionales

Identificadores Alternativos 914f39c7-7bb2-4e77-a4ae-36147aa07daf
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=desert_cyanobacteria