Carotenoid producing bacteria from Antarctica

Registros biológicos
Última versión publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System el jun. 15, 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Fecha de publicación:
15 de junio de 2021
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

A dataset of 30 bacterial cultures from coastal and marine areas in 2014 from sites in Fildes Peninsula, King George Island (Antarctica). Identification based on 16S ssu rRNA sequencing.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 30 registros.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

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Vila E, Hornero-Mendez D, Azziz G, Lareo C, Saravia V (2021): Carotenoid producing bacteria from Antarctica. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Occurrence. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=carotenoid_bacteria_antarctica&v=1.0

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: d5010a6c-152b-4565-b799-cc8eb0e7a77b.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras clave

Occurrence

Contactos

Eugenia Vila
  • Originador
Instituto de Ingeniería Química
Montevideo
UY
Damasio Hornero-Mendez
  • Originador
Instituto de la Grasa (IG-CSIC)
Seville
ES
Gaston Azziz
  • Originador
Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable
Montevideo
UY
Claudia Lareo
  • Originador
Instituto de Ingeniería Química
Montevideo
UY
Veronica Saravia
  • Originador ●
  • Usuario ●
  • Punto De Contacto
Instituto de Ingeniería Química
Montevideo
UY
Maxime Sweetlove
  • Proveedor De Los Metadatos
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Cobertura geográfica

Antarctica:King George Island:Fildes Peninsula

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-62,183, -58,9], Latitud Máxima Longitud Máxima [-62,183, -58,9]

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título Carotenoid producing bacteria from Antarctica
Fuentes de Financiación This work was supported by “Comisión Sectorial de Investigación Científica” [project CSIC I+D 2014 219], and “Agencia Nacional de Investigación e Innovación” [grant POS_NAC_2014_1102321] and [grant MOV_CA__2017_1_138162].

Personas asociadas al proyecto:

Veronica Saravia

Métodos de muestreo

A total of 32 liquid and solid samples were collected in 50 mL sterile tubes.

Área de Estudio Environmental samples collected from Fildes Peninsula, King George Island, during the expedition organized by IAU (Uruguayan Antarctic Institute) on December 2014.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Approximately 100 mg of each sample was suspended in 900 μl of sterile NaCl 0.9% (w/v) solution, serially diluted and plated on adequate media. The isolation medium for samples of organic matter, sediments and ice water was Tryptic Soy Agar (TSA, Sigma Aldrich), and for sea water was TSA complemented with 20 g/L of sea salts (Sigma). Plates were incubated at 10 °C for 7–10 days, and colored colonies were selected for strain isolation by streak-plating technique. Once purity was verified, strains were conserved at −80 °C on glass beads with 20% glycerol in Tryptic Soy Broth (TSB, Oxoid) and sea salts when needed. Strains were characterized by colony and cell morphology, Gram staining and pigment composition.
  2. Genomic DNA extraction was performed with a commercial kit according manufacturer’s instructions (Genomic DNA Purification Kit, Thermo Fisher). Amplification of the 16S rRNA gene fragments were done in a Palm-1870 Cycler TM (Corbett Research UK Ltd) as follows: initial denaturation 3 min at 95 °C, then 35 cycles of 45 s at 94 °C, 45 s at 58 °C, 60 s 72 °C, and a final extension step 9 min at 72 °C. Reaction mixtures contained: 2.5 U polymerase (Mango Taq, Bioline), 10 μL of buffer solution, 2.5 μL of 50 mM MgCl2, and 2.5 μL each of forward primer 27 F (5´-AGAGTTTGATC MTGGCTCAG-3´) and reverse primer 1492R (5´-TACGGYTACC TTGTTACGACTT-3´), genomic DNA, and water to 50 μL final volume. The PCR products were analyzed by electrophoresis with 1% agarose gels. DNA sequencing was carried out by Macrogen Inc. (Korea) using universal primers.

Referencias bibliográficas

  1. Vila, E., Hornero-Méndez, D., Azziz, G., Lareo, C., & Saravia, V. (2019). Carotenoids from heterotrophic bacteria isolated from Fildes Peninsula, King George Island, Antarctica. Biotechnology Reports, 21, e00306.

Metadatos adicionales