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V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island

Última versión Publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System en 19 de marzo de 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Fecha de publicación:
19 de marzo de 2019
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq 250bp PE) of soil bacteria (16S ssu rRNA gene, v3-v4) on King George Island and Deception Island (Antarctica)

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Chua C, Yong S, Gonzalez M, Lavin P, Cheah Y, Tan G, Wong C (2019): V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island&v=1.1

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Este trabajo está autorizado bajo una Licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento 4.0 Internacional (CC-BY) 4.0.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras clave

Metadata

Contactos

¿Quién creó el recurso?:
-

C. Chua
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
S. Yong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
M. Gonzalez
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
P. Lavin
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
Y. Cheah
Universiti Putra Malaysia
43400 Serdang
MY
G. Tan
University of Malaya
88400 Kuala Lumpur
MY
C. Wong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

C. Chua
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
C. Wong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY

¿Quién documentó los metadatos?:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute for Naturals Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Usuario

Cobertura geográfica

King George Island and Deception Island, Antarctica

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-62,99, -60,68], Latitud Máxima Longitud Máxima [-62,19, -58,94]

Cobertura taxonómica

Bacteria, 16S ssu rRNA gene, v3-v4 region

Dominio Bacteria (Bacteria)

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island
Fuentes de Financiación his work was supported by the Ministry of Science, Technology and Innovation (MOSTI), Malaysia under the Flagship project FP0712E012.

Personas asociadas al proyecto:

C. Chua

Métodos de muestreo

Samples were stored at –20°C immediately after sampling.

Área de Estudio Soil samples were collected from King George Island (S62°11′35.3′′; W58°56′6.2′′) and Deception Island (S62°59′023′′; W60°40′51.7′′), Antarctica in February 2007.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Total bacterial genomic DNA was extracted from soils using the method described in Zhou et al. (1996) DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol., 62(2), 316–322.
  2. The concentration and purity of the extracted genomic DNA were measured using the NanoDropTM 2000 spectrophotometer (Thermo Scientific Inc., Waltham, MA, USA).
  3. The V3–V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was amplified using locus-specific primers, S-DBact-0341-b- S-17 (5′-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGC WGC AG-3′)and S-D-Bact-0785-a-A-21 (5′-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3′). The 16S rDNA amplicons were subjected to paired-end sequencing on Illumina MiSeq platform using 2 × 250 bp MiSeq Reagent Kit v2 (Illumina® Inc., San Diego, California).

Referencias bibliográficas

  1. Chua, C. Y., Yong, S. T., González, M. A., Lavin, P., Cheah, Y. K., Tan, G. Y. A., & Wong, C. M. V. L. (2018). Analysis of bacterial communities of King George and Deception Islands, Antarctica using high-throughput sequencing. CURRENT SCIENCE, 115(9), 1701.

Metadatos adicionales

Identificadores alternativos fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island