Metadata-only

V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island

Последняя версия опубликована SCAR - Microbial Antarctic Resource System 19 марта 2019 г. SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Дата публикации:
19 марта 2019 г.
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (9 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (11 KB)

Описание

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq 250bp PE) of soil bacteria (16S ssu rRNA gene, v3-v4) on King George Island and Deception Island (Antarctica)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Chua C, Yong S, Gonzalez M, Lavin P, Cheah Y, Tan G, Wong C (2019): V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island&v=1.1

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Кто является создателем ресурса:
-

C. Chua
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
S. Yong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
M. Gonzalez
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
P. Lavin
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
Y. Cheah
Universiti Putra Malaysia
43400 Serdang
MY
G. Tan
University of Malaya
88400 Kuala Lumpur
MY
C. Wong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

C. Chua
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
C. Wong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY

Кем заполнены метаданные:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute for Naturals Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels

Кто еще связан с данным ресурсом:

User

Географический охват

King George Island and Deception Island, Antarctica

Ограничивающие координаты Юг Запад [-62,99, -60,68], Север Восток [-62,19, -58,94]

Таксономический охват

Bacteria, 16S ssu rRNA gene, v3-v4 region

Domain Bacteria (Bacteria)

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island
Финансирование his work was supported by the Ministry of Science, Technology and Innovation (MOSTI), Malaysia under the Flagship project FP0712E012.

Исполнители проекта:

C. Chua

Методы сбора

Samples were stored at –20°C immediately after sampling.

Охват исследования Soil samples were collected from King George Island (S62°11′35.3′′; W58°56′6.2′′) and Deception Island (S62°59′023′′; W60°40′51.7′′), Antarctica in February 2007.

Описание этапа методики:

  1. Total bacterial genomic DNA was extracted from soils using the method described in Zhou et al. (1996) DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol., 62(2), 316–322.
  2. The concentration and purity of the extracted genomic DNA were measured using the NanoDropTM 2000 spectrophotometer (Thermo Scientific Inc., Waltham, MA, USA).
  3. The V3–V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was amplified using locus-specific primers, S-DBact-0341-b- S-17 (5′-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGC WGC AG-3′)and S-D-Bact-0785-a-A-21 (5′-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3′). The 16S rDNA amplicons were subjected to paired-end sequencing on Illumina MiSeq platform using 2 × 250 bp MiSeq Reagent Kit v2 (Illumina® Inc., San Diego, California).

Библиографические ссылки

  1. Chua, C. Y., Yong, S. T., González, M. A., Lavin, P., Cheah, Y. K., Tan, G. Y. A., & Wong, C. M. V. L. (2018). Analysis of bacterial communities of King George and Deception Islands, Antarctica using high-throughput sequencing. CURRENT SCIENCE, 115(9), 1701.

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island