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V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island

Versão mais recente publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System em 19 de Março de 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Publication date:
19 de Março de 2019
License:
CC-BY 4.0

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Descrição

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq 250bp PE) of soil bacteria (16S ssu rRNA gene, v3-v4) on King George Island and Deception Island (Antarctica)

Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Como citar

Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:

Chua C, Yong S, Gonzalez M, Lavin P, Cheah Y, Tan G, Wong C (2019): V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island&v=1.1

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF Registration

Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palavras-chave

Metadata

Contatos

Quem criou esse recurso:
-

C. Chua
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
S. Yong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
M. Gonzalez
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
P. Lavin
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
Y. Cheah
Universiti Putra Malaysia
43400 Serdang
MY
G. Tan
University of Malaya
88400 Kuala Lumpur
MY
C. Wong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY

Quem pode responder a perguntas sobre o recurso:

C. Chua
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
C. Wong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY

Quem preencher os metadados:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute for Naturals Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels

Quem mais foi associado com o recurso:

Usuário

Cobertura Geográfica

King George Island and Deception Island, Antarctica

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [-62,99, -60,68], Norte Leste [-62,19, -58,94]

Cobertura Taxonômica

Bacteria, 16S ssu rRNA gene, v3-v4 region

Domínio Bacteria (Bacteria)

Dados Sobre o Projeto

Nenhuma descrição disponível

Título V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island
Financiamento his work was supported by the Ministry of Science, Technology and Innovation (MOSTI), Malaysia under the Flagship project FP0712E012.

O pessoal envolvido no projeto:

C. Chua

Métodos de Amostragem

Samples were stored at –20°C immediately after sampling.

Área de Estudo Soil samples were collected from King George Island (S62°11′35.3′′; W58°56′6.2′′) and Deception Island (S62°59′023′′; W60°40′51.7′′), Antarctica in February 2007.

Descrição dos passos do método:

  1. Total bacterial genomic DNA was extracted from soils using the method described in Zhou et al. (1996) DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol., 62(2), 316–322.
  2. The concentration and purity of the extracted genomic DNA were measured using the NanoDropTM 2000 spectrophotometer (Thermo Scientific Inc., Waltham, MA, USA).
  3. The V3–V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was amplified using locus-specific primers, S-DBact-0341-b- S-17 (5′-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGC WGC AG-3′)and S-D-Bact-0785-a-A-21 (5′-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3′). The 16S rDNA amplicons were subjected to paired-end sequencing on Illumina MiSeq platform using 2 × 250 bp MiSeq Reagent Kit v2 (Illumina® Inc., San Diego, California).

Citações bibliográficas

  1. Chua, C. Y., Yong, S. T., González, M. A., Lavin, P., Cheah, Y. K., Tan, G. Y. A., & Wong, C. M. V. L. (2018). Analysis of bacterial communities of King George and Deception Islands, Antarctica using high-throughput sequencing. CURRENT SCIENCE, 115(9), 1701.

Metadados Adicionais

Identificadores alternativos fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056d
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island