メタデータ

V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island

最新バージョン SCAR - Microbial Antarctic Resource System によって公開 2019/03/19 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

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説明

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq 250bp PE) of soil bacteria (16S ssu rRNA gene, v3-v4) on King George Island and Deception Island (Antarctica)

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Chua C, Yong S, Gonzalez M, Lavin P, Cheah Y, Tan G, Wong C (2019): V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=soil_bacteria_king_george_island_and_deception_island&v=1.1

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: fca3f5da-a6ae-464d-a488-38439546056dが割り当てられています。   Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Metadata

連絡先

リソースを作成した人:
-

C. Chua
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
S. Yong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
M. Gonzalez
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
P. Lavin
Instituto Antártico Chileno
Punta Arenas
CL
Y. Cheah
Universiti Putra Malaysia
43400 Serdang
MY
G. Tan
University of Malaya
88400 Kuala Lumpur
MY
C. Wong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY

リソースに関する質問に答えることができる人:

C. Chua
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY
C. Wong
Universiti Malaysia Sabah
88400 Kota Kinabalu
MY

メタデータを記載した人:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute for Naturals Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels

他に、リソースに関連付けられていた人:

データ利用者

地理的範囲

King George Island and Deception Island, Antarctica

座標(緯度経度) 南 西 [-62.99, -60.68], 北 東 [-62.19, -58.94]

生物分類学的範囲

Bacteria, 16S ssu rRNA gene, v3-v4 region

Domain Bacteria (Bacteria)

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル V3-V4 16S rDNA of soil bacteria in King George Island and Deception Island
ファンデイング his work was supported by the Ministry of Science, Technology and Innovation (MOSTI), Malaysia under the Flagship project FP0712E012.

プロジェクトに携わる要員:

C. Chua

収集方法

Samples were stored at –20°C immediately after sampling.

Study Extent Soil samples were collected from King George Island (S62°11′35.3′′; W58°56′6.2′′) and Deception Island (S62°59′023′′; W60°40′51.7′′), Antarctica in February 2007.

Method step description:

  1. Total bacterial genomic DNA was extracted from soils using the method described in Zhou et al. (1996) DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol., 62(2), 316–322.
  2. The concentration and purity of the extracted genomic DNA were measured using the NanoDropTM 2000 spectrophotometer (Thermo Scientific Inc., Waltham, MA, USA).
  3. The V3–V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was amplified using locus-specific primers, S-DBact-0341-b- S-17 (5′-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGC WGC AG-3′)and S-D-Bact-0785-a-A-21 (5′-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3′). The 16S rDNA amplicons were subjected to paired-end sequencing on Illumina MiSeq platform using 2 × 250 bp MiSeq Reagent Kit v2 (Illumina® Inc., San Diego, California).

書誌情報の引用

  1. Chua, C. Y., Yong, S. T., González, M. A., Lavin, P., Cheah, Y. K., Tan, G. Y. A., & Wong, C. M. V. L. (2018). Analysis of bacterial communities of King George and Deception Islands, Antarctica using high-throughput sequencing. CURRENT SCIENCE, 115(9), 1701.

追加のメタデータ