メタデータ

RNA-Virome (RNA shotgun sequencing) from lake Limnopolar on Livingston Island (Antarctica)

最新バージョン SCAR - Microbial Antarctic Resource System によって公開 2019/03/26 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

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説明

RNA shotgun sequencing (454 pyrosequencing) metagenome dataset of viruses in lake Limnopolar (Livingston Island, Antarctica), over a three-year period.

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Lopez-Bueno A, Rastrojo A, Peiro R, Arenas M, Alcami A (2019): RNA-Virome (RNA shotgun sequencing) from lake Limnopolar on Livingston Island (Antarctica). v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=virome_livingston_island_antarctica&v=1.0

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 9b846f85-327e-412d-abb7-2eef49b6fae4が割り当てられています。   Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Metadata

連絡先

リソースを作成した人:
-

A. Lopez-Bueno
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
A. Rastrojo
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
R. Peiro
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
M. Arenas
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
A. Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

リソースに関する質問に答えることができる人:

A. Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

メタデータを記載した人:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

他に、リソースに関連付けられていた人:

データ利用者

地理的範囲

Limnopolar lake, Livingston Island, South Shetland Islands, Antarctica

座標(緯度経度) 南 西 [-62.38, -61.06], 北 東 [-62.38, -61.06]

生物分類学的範囲

RNA-Viruses targeted with RNA-shotgun sequencing (454 pyrosequencing)

時間的範囲

開始日 / 終了日 2007-11-27 / 2010-02-01

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル RNA-Virome (RNA shotgun sequencing) from lake Limnopolar on Livingston Island (Antarctica)
ファンデイング This project was funded by the Spanish Polar Programme and the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (CTM2008‐05134‐E/ANT and CTM2009‐08644‐E).

プロジェクトに携わる要員:

A. Alcami

収集方法

Samples were taken aseptically.

Study Extent Lake Limnopolar (Livingston Island, Antarctica) was sampled for cyanobacteria mats on the 27th of November 2006, the 22nd of January 2007 and the 1st of February 2010.

Method step description:

  1. Cyanobacterial mat samples (2.5 g) were homogenized in SM buffer (50 mm Tris‐HCl pH 7.5, 100 mm NaCl and 8 mm MgSO4.7H2O) by three cycles of vigorous vortex and sonication in a water bath during 20 and 10 s, respectively, then centrifuged at 3000 g for 5 min. This process was repeated twice. The resulting supernatants were combined and centrifuged at 8000 g for 1 h and then filtered through a 0.45‐μm syringe filter (Millex, Durapore PVDF) to remove cellular organisms. The resulting viral fractions, as well as those from lake water samples, were purified as described previously (López‐Bueno et al. 2009). In the case of the water sample collected in 2010, 0.45 μm filtration was carried out by TFF using two 0.093 m2 polyethersulfone filter cassettes (Pall) and nuclease treatment of purified viral particles included 100 U/mL of nuclease S7 (Roche). RNA viral genomes were purified with Trizol‐LS (Invitrogen) followed by DNAseI RNAse‐free (Roche) treatment before randomly amplification by sequence independent single primer amplification (SISPA) (Victoria et al. 2008; Djikeng et al. 2009; Culley et al. 2010). Briefly, Superscript II or III and the Klenow fragment (3′–>5′exo‐) enzyme (NEBiolabs) were used to convert RNA into dsDNA using 60 pmol of pseudo‐degenerated primers FR26‐RV (5′‐GCCGGAGCTCTGCAGATATCNNNNNN‐3) for the water sample collected in 2007 and primer A (5′‐GTTTCCCAGTCACGATANNNNNNNNN‐3) for samples collected in 2006 and 2010. After 40 cycles of PCR amplification with FastStart high fidelity polymerase (Roche), DNA fragments between 500 and 3000 bp were gel‐extracted with QIAquick Gel Extraction kit (Qiagen) and sequenced in the 454 GS FLX titanium platforms (Roche‐454) from LifeSequencing (Valencia, Spain) or from Parque Científico de Madrid (Spain).

書誌情報の引用

  1. López‐Bueno, A., Rastrojo, A., Peiró, R., Arenas, M., & Alcamí, A. (2015). Ecological connectivity shapes quasispecies structure of RNA viruses in an Antarctic lake. Molecular ecology, 24(19), 4812-4825. https://doi.org/10.1111/mec.13321