Metadata-only

RNA-Virome (RNA shotgun sequencing) from lake Limnopolar on Livingston Island (Antarctica)

Последняя версия опубликована SCAR - Microbial Antarctic Resource System 26 марта 2019 г. SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Дата публикации:
26 марта 2019 г.
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (9 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (9 KB)

Описание

RNA shotgun sequencing (454 pyrosequencing) metagenome dataset of viruses in lake Limnopolar (Livingston Island, Antarctica), over a three-year period.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Lopez-Bueno A, Rastrojo A, Peiro R, Arenas M, Alcami A (2019): RNA-Virome (RNA shotgun sequencing) from lake Limnopolar on Livingston Island (Antarctica). v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=virome_livingston_island_antarctica&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 9b846f85-327e-412d-abb7-2eef49b6fae4.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Кто является создателем ресурса:
-

A. Lopez-Bueno
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
A. Rastrojo
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
R. Peiro
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
M. Arenas
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES
A. Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

A. Alcami
Universidad Autónoma de Madrid
Madrid
ES

Кем заполнены метаданные:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Кто еще связан с данным ресурсом:

User

Географический охват

Limnopolar lake, Livingston Island, South Shetland Islands, Antarctica

Ограничивающие координаты Юг Запад [-62,38, -61,06], Север Восток [-62,38, -61,06]

Таксономический охват

RNA-Viruses targeted with RNA-shotgun sequencing (454 pyrosequencing)

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2007-11-27 / 2010-02-01

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название RNA-Virome (RNA shotgun sequencing) from lake Limnopolar on Livingston Island (Antarctica)
Финансирование This project was funded by the Spanish Polar Programme and the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (CTM2008‐05134‐E/ANT and CTM2009‐08644‐E).

Исполнители проекта:

A. Alcami

Методы сбора

Samples were taken aseptically.

Охват исследования Lake Limnopolar (Livingston Island, Antarctica) was sampled for cyanobacteria mats on the 27th of November 2006, the 22nd of January 2007 and the 1st of February 2010.

Описание этапа методики:

  1. Cyanobacterial mat samples (2.5 g) were homogenized in SM buffer (50 mm Tris‐HCl pH 7.5, 100 mm NaCl and 8 mm MgSO4.7H2O) by three cycles of vigorous vortex and sonication in a water bath during 20 and 10 s, respectively, then centrifuged at 3000 g for 5 min. This process was repeated twice. The resulting supernatants were combined and centrifuged at 8000 g for 1 h and then filtered through a 0.45‐μm syringe filter (Millex, Durapore PVDF) to remove cellular organisms. The resulting viral fractions, as well as those from lake water samples, were purified as described previously (López‐Bueno et al. 2009). In the case of the water sample collected in 2010, 0.45 μm filtration was carried out by TFF using two 0.093 m2 polyethersulfone filter cassettes (Pall) and nuclease treatment of purified viral particles included 100 U/mL of nuclease S7 (Roche). RNA viral genomes were purified with Trizol‐LS (Invitrogen) followed by DNAseI RNAse‐free (Roche) treatment before randomly amplification by sequence independent single primer amplification (SISPA) (Victoria et al. 2008; Djikeng et al. 2009; Culley et al. 2010). Briefly, Superscript II or III and the Klenow fragment (3′–>5′exo‐) enzyme (NEBiolabs) were used to convert RNA into dsDNA using 60 pmol of pseudo‐degenerated primers FR26‐RV (5′‐GCCGGAGCTCTGCAGATATCNNNNNN‐3) for the water sample collected in 2007 and primer A (5′‐GTTTCCCAGTCACGATANNNNNNNNN‐3) for samples collected in 2006 and 2010. After 40 cycles of PCR amplification with FastStart high fidelity polymerase (Roche), DNA fragments between 500 and 3000 bp were gel‐extracted with QIAquick Gel Extraction kit (Qiagen) and sequenced in the 454 GS FLX titanium platforms (Roche‐454) from LifeSequencing (Valencia, Spain) or from Parque Científico de Madrid (Spain).

Библиографические ссылки

  1. López‐Bueno, A., Rastrojo, A., Peiró, R., Arenas, M., & Alcamí, A. (2015). Ecological connectivity shapes quasispecies structure of RNA viruses in an Antarctic lake. Molecular ecology, 24(19), 4812-4825. https://doi.org/10.1111/mec.13321

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=virome_livingston_island_antarctica