Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample

Última versión publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System el mar 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Fecha de publicación:
19 de marzo de 2019
Licencia:
CC-BY 4.0

Descargue la última versión de los metadatos como EML o RTF:

Metadatos como un archivo EML descargar en Inglés (8 KB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Inglés (10 KB)

Descripción

Seven assembled metagenoms from a metagenomic sequencing (Illumina HiSeq; paired-end) sample taken during a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean)

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Delmont T, Eren M, Veneis J, Post A (2019): Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome&v=1.1

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras clave

Metadata

Contactos

Tom Delmont
  • Originador
  • Punto De Contacto
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Murat Eren
  • Originador
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Joseph Veneis
  • Originador
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Anton Post
  • Originador
University of Rhode Island
Narragansett
US
Maxime Sweetlove
  • Proveedor De Los Metadatos
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Cobertura geográfica

Amundsen Sea, Southern Ocean

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-73,342, -112,401], Latitud Máxima Longitud Máxima [-73,342, -112,401]

Cobertura temporal

Fecha Inicial 2010-12-19

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título ASPIRE Microbiome
Fuentes de Financiación This work was performed with financial support from NSF Antarctic Sciences awards ANT-1142095.

Personas asociadas al proyecto:

Anton Post

Métodos de muestreo

A sample was taken from the surface water layer in the center of a bloom (073° 34′243S 112° 40′080W, chlorophyll a > 17 μg/L, temperature of −1.2°C, phosphate: 1.31 μM, nitrite: 0.02 μM, ammonium: 0.05 μM, silicate: 77.8 μM) on 19 December 2010. This sample (6 l, 10 m depth) was passed over a 20 μm mesh, collected onto a 0.2 μm Sterivex membrane filter cartridge by pressure filtration, quickly frozen in the headspace of a LN2 dewar and stored at −80°C.

Área de Estudio Water samples were taken with a CTD Rosette equipped during a phytoplankton bloom event in the ASP in 2010–2011.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. DNA extraction was performed using the Puregene kit (Gentra) after disruption of the cells with lytic enzyme coupled to proteinase K (Sinigalliano et al., 2007). DNA was quantified using a Nanodrop 2000 instrument (Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE).
  2. Metagenomic libraries were generated with the OVATION ultralow kit (NuGen) using 100 ng of DNA and 8 amplification cycles. We constructed overlapping (2X100 nt with ~40 nt of overlap) and gapped (2X108 nt with an insert size of ~600 nt) metagenomic DNA libraries using a Pippin prep electrophoresis platform to precisely select the desired length for DNA fragments to be used for sequencing on a Hiseq platform (Illumina).

Referencias bibliográficas

  1. Delmont, T. O., Eren, A. M., Vineis, J. H., & Post, A. F. (2015). Genome reconstructions indicate the partitioning of ecological functions inside a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea, Antarctica. Frontiers in microbiology, 6, 1090.

Metadatos adicionales

Identificadores alternativos 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome