Somente metadatos

Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample

Versão mais recente publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System em 19 de Março de 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Publication date:
19 de Março de 2019
License:
CC-BY 4.0

Baixe a versão mais recente dos metadados como EML ou RTF:

Metadados como um arquivo EML download em English (8 KB)
Metadados como um arquivo RTF download em English (10 KB)

Descrição

Seven assembled metagenoms from a metagenomic sequencing (Illumina HiSeq; paired-end) sample taken during a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean)

Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Como citar

Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:

Delmont T, Eren M, Veneis J, Post A (2019): Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome&v=1.1

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF Registration

Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palavras-chave

Metadata

Contatos

Quem criou esse recurso:
-

Tom Delmont
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Murat Eren
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Joseph Veneis
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Anton Post
University of Rhode Island
Narragansett
US

Quem pode responder a perguntas sobre o recurso:

Tom Delmont
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US

Quem preencher os metadados:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Quem mais foi associado com o recurso:

Usuário

Cobertura Geográfica

Amundsen Sea, Southern Ocean

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [-73,342, -112,401], Norte Leste [-73,342, -112,401]

Cobertura Temporal

Data Inicial 2010-12-19

Dados Sobre o Projeto

Nenhuma descrição disponível

Título ASPIRE Microbiome
Financiamento This work was performed with financial support from NSF Antarctic Sciences awards ANT-1142095.

O pessoal envolvido no projeto:

Anton Post

Métodos de Amostragem

A sample was taken from the surface water layer in the center of a bloom (073° 34′243S 112° 40′080W, chlorophyll a > 17 μg/L, temperature of −1.2°C, phosphate: 1.31 μM, nitrite: 0.02 μM, ammonium: 0.05 μM, silicate: 77.8 μM) on 19 December 2010. This sample (6 l, 10 m depth) was passed over a 20 μm mesh, collected onto a 0.2 μm Sterivex membrane filter cartridge by pressure filtration, quickly frozen in the headspace of a LN2 dewar and stored at −80°C.

Área de Estudo Water samples were taken with a CTD Rosette equipped during a phytoplankton bloom event in the ASP in 2010–2011.

Descrição dos passos do método:

  1. DNA extraction was performed using the Puregene kit (Gentra) after disruption of the cells with lytic enzyme coupled to proteinase K (Sinigalliano et al., 2007). DNA was quantified using a Nanodrop 2000 instrument (Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE).
  2. Metagenomic libraries were generated with the OVATION ultralow kit (NuGen) using 100 ng of DNA and 8 amplification cycles. We constructed overlapping (2X100 nt with ~40 nt of overlap) and gapped (2X108 nt with an insert size of ~600 nt) metagenomic DNA libraries using a Pippin prep electrophoresis platform to precisely select the desired length for DNA fragments to be used for sequencing on a Hiseq platform (Illumina).

Citações bibliográficas

  1. Delmont, T. O., Eren, A. M., Vineis, J. H., & Post, A. F. (2015). Genome reconstructions indicate the partitioning of ecological functions inside a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea, Antarctica. Frontiers in microbiology, 6, 1090.

Metadados Adicionais

Identificadores alternativos 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome