Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample

Metadata-only
Последняя версия опубликовано SCAR - Microbial Antarctic Resource System мар. 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Дата публикации:
19 марта 2019 г.
Опубликовано:
SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (8 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (10 KB)

Описание

Seven assembled metagenoms from a metagenomic sequencing (Illumina HiSeq; paired-end) sample taken during a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Delmont T, Eren M, Veneis J, Post A (2019): Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome&v=1.1

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Tom Delmont
  • Originator ●
  • Point Of Contact
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Murat Eren
  • Originator
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Joseph Veneis
  • Originator
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Anton Post
  • Originator
University of Rhode Island
Narragansett
US
Maxime Sweetlove
  • Metadata Provider
  • Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
  • Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Географический охват

Amundsen Sea, Southern Ocean

Ограничивающие координаты Юг Запад [-73,342, -112,401], Север Восток [-73,342, -112,401]

Временной охват

Дата начала 2010-12-19

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название ASPIRE Microbiome
Финансирование This work was performed with financial support from NSF Antarctic Sciences awards ANT-1142095.

Исполнители проекта:

Anton Post

Методы сбора

A sample was taken from the surface water layer in the center of a bloom (073° 34′243S 112° 40′080W, chlorophyll a > 17 μg/L, temperature of −1.2°C, phosphate: 1.31 μM, nitrite: 0.02 μM, ammonium: 0.05 μM, silicate: 77.8 μM) on 19 December 2010. This sample (6 l, 10 m depth) was passed over a 20 μm mesh, collected onto a 0.2 μm Sterivex membrane filter cartridge by pressure filtration, quickly frozen in the headspace of a LN2 dewar and stored at −80°C.

Охват исследования Water samples were taken with a CTD Rosette equipped during a phytoplankton bloom event in the ASP in 2010–2011.

Описание этапа методики:

  1. DNA extraction was performed using the Puregene kit (Gentra) after disruption of the cells with lytic enzyme coupled to proteinase K (Sinigalliano et al., 2007). DNA was quantified using a Nanodrop 2000 instrument (Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE).
  2. Metagenomic libraries were generated with the OVATION ultralow kit (NuGen) using 100 ng of DNA and 8 amplification cycles. We constructed overlapping (2X100 nt with ~40 nt of overlap) and gapped (2X108 nt with an insert size of ~600 nt) metagenomic DNA libraries using a Pippin prep electrophoresis platform to precisely select the desired length for DNA fragments to be used for sequencing on a Hiseq platform (Illumina).

Библиографические ссылки

  1. Delmont, T. O., Eren, A. M., Vineis, J. H., & Post, A. F. (2015). Genome reconstructions indicate the partitioning of ecological functions inside a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea, Antarctica. Frontiers in microbiology, 6, 1090.

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome