Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample

Métadonnées uniquement
Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le mars 19, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
19 mars 2019
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Seven assembled metagenoms from a metagenomic sequencing (Illumina HiSeq; paired-end) sample taken during a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean)

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Delmont T, Eren M, Veneis J, Post A (2019): Metagenome assembly of an Amundsen Sea (Antarctica, Southern Ocean) water sample. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome&v=1.1

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Tom Delmont
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Murat Eren
  • Créateur
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Joseph Veneis
  • Créateur
Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US
Anton Post
  • Créateur
University of Rhode Island
Narragansett
US
Maxime Sweetlove
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
  • Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Couverture géographique

Amundsen Sea, Southern Ocean

Enveloppe géographique Sud Ouest [-73,342, -112,401], Nord Est [-73,342, -112,401]

Couverture temporelle

Date de début 2010-12-19

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre ASPIRE Microbiome
Financement This work was performed with financial support from NSF Antarctic Sciences awards ANT-1142095.

Les personnes impliquées dans le projet:

Anton Post

Méthodes d'échantillonnage

A sample was taken from the surface water layer in the center of a bloom (073° 34′243S 112° 40′080W, chlorophyll a > 17 μg/L, temperature of −1.2°C, phosphate: 1.31 μM, nitrite: 0.02 μM, ammonium: 0.05 μM, silicate: 77.8 μM) on 19 December 2010. This sample (6 l, 10 m depth) was passed over a 20 μm mesh, collected onto a 0.2 μm Sterivex membrane filter cartridge by pressure filtration, quickly frozen in the headspace of a LN2 dewar and stored at −80°C.

Etendue de l'étude Water samples were taken with a CTD Rosette equipped during a phytoplankton bloom event in the ASP in 2010–2011.

Description des étapes de la méthode:

  1. DNA extraction was performed using the Puregene kit (Gentra) after disruption of the cells with lytic enzyme coupled to proteinase K (Sinigalliano et al., 2007). DNA was quantified using a Nanodrop 2000 instrument (Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE).
  2. Metagenomic libraries were generated with the OVATION ultralow kit (NuGen) using 100 ng of DNA and 8 amplification cycles. We constructed overlapping (2X100 nt with ~40 nt of overlap) and gapped (2X108 nt with an insert size of ~600 nt) metagenomic DNA libraries using a Pippin prep electrophoresis platform to precisely select the desired length for DNA fragments to be used for sequencing on a Hiseq platform (Illumina).

Citations bibliographiques

  1. Delmont, T. O., Eren, A. M., Vineis, J. H., & Post, A. F. (2015). Genome reconstructions indicate the partitioning of ecological functions inside a phytoplankton bloom in the Amundsen Sea, Antarctica. Frontiers in microbiology, 6, 1090.

Métadonnées additionnelles

Identifiants alternatifs 4f0d3a6f-c91e-4db9-a2f3-6a6007e620e2
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=amundsen_sea_metagenome