Métadonnées uniquement

Antarctic cryosphere fungal diversity (2015)

Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le 17 juin 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
17 juin 2021
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) targeting Fungi (ITS) in ice samples (n=8) from the Antarctic Peninsula.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

de Menezes G, Camara P, Pinto O, Convey P, Calvarho-Silva M, Simões J, Rosa C, Rosa L (2021): Antarctic cryosphere fungal diversity (2015). v1.8. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=cryosphere_fungi_antarctica_2015&v=1.8

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 6c3e071e-2bd9-44e9-a4c0-5222044c1b45.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Personne ayant créé cette ressource:
-

Graciele de Menezes
Universidade Federal de Minas
BR
Paulo Camara
Universidade de Brasília
BR
Otavio Pinto
Universidade de Brasília
BR
Peter Convey
British Antarctic Survey
GB
Micheline Calvarho-Silva
Universidade de Brasília
BR
Jefferson Simões
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
BR
Carlos Rosa
Universidade Federal de Minas
BR
Luiz Rosa
Universidade Federal de Minas
BR

Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:

Luiz Rosa
Universidade Federal de Minas
BR

Personne ayant renseigné les métadonnées:
-

Maxime Sweetlove
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Autres personnes associées à la ressource:

Luiz Rosa
Utilisateur
Universidade Federal de Minas
BR

Couverture géographique

Antarctica: maritime Antarctica.

Enveloppe géographique Sud Ouest [-64,75, -62,217], Nord Est [-62,492, -59,633]

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2015-12-01 / 2016-12-31

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Antarctic cryosphere fungal diversity (2015)
Financement This project was funded by PROANTAR CNPq (442258/2018-6), INCT Criosfera, FAPEMIG, CAPES and FNDCT. Additional support was provided by CNPq (151195/2019-6).

Les personnes impliquées dans le projet:

Luiz Rosa

Méthodes d'échantillonnage

Samples were collected using sterile suits and gloves. Each sample was broken into smaller pieces, and surface decontamination carried out using 5% sodium hypochlorite (10 s), sterilized distilled water (10 s), and exposure to ultraviolet radiation (10 min).

Etendue de l'étude Glacial ice fragments of approximately 20 kg mass, were collected adjacent to the ice fronts of seven marine terminating glaciers in the South Shetland Islands and the north-west Antarctica Peninsula during the austral summer season in December 2015 and December 2016.

Description des étapes de la méthode:

  1. The samples were melted and a total of 12–15 L of the resulting water Filtered through 47 mm diameter (Millipore) membranes (three membranes per sampling site, each using 4–5 L) until each membrane became saturated. Membranes were then stored at -20°C until DNA extraction.
  2. The three membranes resulting from filtering the melted ice from each sampling site were processed together in order to increase DNA yield. Total DNA was extracted using 0.5 mL extraction buffer [sodium dodecyl sulfate (SDS) 10%], left at 55°C for 18 h, followed by 165 μL NaCl (5 M) and 165 μL cetyltrimethylammonium bromide (CTAB, 10%), then 600 μL chloroform was added and the mixture centrifuged (Eppendorf/Germany) at 13,000 rpm for 10 min. The supernatant was cleaned using the QIAGEN DNeasy PowerClean cleanup Kit. The ITS2 region was used as a DNA barcode, using the universal primers ITS3 and ITS4 and were sequenced at Macrogen Inc. (South Korea) on an Illumina MiSeq sequencer, using the MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle) following the manufacturer’s protocol.

Citations bibliographiques

  1. de Menezes, G., Câmara, P., Pinto, O., Convey, P., Carvalho-Silva, M., Simões, J., ... & Rosa, L. (2021). Fungi in the Antarctic cryosphere: using DNA metabarcoding to reveal fungal diversity in glacial ice from the Antarctic Peninsula region.

Métadonnées additionnelles