メタデータ

Antarctic cryosphere fungal diversity (2015)

最新バージョン SCAR - Microbial Antarctic Resource System によって公開 2021/06/17 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

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説明

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) targeting Fungi (ITS) in ice samples (n=8) from the Antarctic Peninsula.

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

de Menezes G, Camara P, Pinto O, Convey P, Calvarho-Silva M, Simões J, Rosa C, Rosa L (2021): Antarctic cryosphere fungal diversity (2015). v1.8. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=cryosphere_fungi_antarctica_2015&v=1.8

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 6c3e071e-2bd9-44e9-a4c0-5222044c1b45が割り当てられています。   Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Metadata

連絡先

リソースを作成した人:
-

Graciele de Menezes
Universidade Federal de Minas
BR
Paulo Camara
Universidade de Brasília
BR
Otavio Pinto
Universidade de Brasília
BR
Peter Convey
British Antarctic Survey
GB
Micheline Calvarho-Silva
Universidade de Brasília
BR
Jefferson Simões
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
BR
Carlos Rosa
Universidade Federal de Minas
BR
Luiz Rosa
Universidade Federal de Minas
BR

リソースに関する質問に答えることができる人:

Luiz Rosa
Universidade Federal de Minas
BR

メタデータを記載した人:
-

Maxime Sweetlove
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

他に、リソースに関連付けられていた人:

Luiz Rosa
データ利用者
Universidade Federal de Minas
BR

地理的範囲

Antarctica: maritime Antarctica.

座標(緯度経度) 南 西 [-64.75, -62.217], 北 東 [-62.492, -59.633]

時間的範囲

開始日 / 終了日 2015-12-01 / 2016-12-31

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル Antarctic cryosphere fungal diversity (2015)
ファンデイング This project was funded by PROANTAR CNPq (442258/2018-6), INCT Criosfera, FAPEMIG, CAPES and FNDCT. Additional support was provided by CNPq (151195/2019-6).

プロジェクトに携わる要員:

Luiz Rosa

収集方法

Samples were collected using sterile suits and gloves. Each sample was broken into smaller pieces, and surface decontamination carried out using 5% sodium hypochlorite (10 s), sterilized distilled water (10 s), and exposure to ultraviolet radiation (10 min).

Study Extent Glacial ice fragments of approximately 20 kg mass, were collected adjacent to the ice fronts of seven marine terminating glaciers in the South Shetland Islands and the north-west Antarctica Peninsula during the austral summer season in December 2015 and December 2016.

Method step description:

  1. The samples were melted and a total of 12–15 L of the resulting water Filtered through 47 mm diameter (Millipore) membranes (three membranes per sampling site, each using 4–5 L) until each membrane became saturated. Membranes were then stored at -20°C until DNA extraction.
  2. The three membranes resulting from filtering the melted ice from each sampling site were processed together in order to increase DNA yield. Total DNA was extracted using 0.5 mL extraction buffer [sodium dodecyl sulfate (SDS) 10%], left at 55°C for 18 h, followed by 165 μL NaCl (5 M) and 165 μL cetyltrimethylammonium bromide (CTAB, 10%), then 600 μL chloroform was added and the mixture centrifuged (Eppendorf/Germany) at 13,000 rpm for 10 min. The supernatant was cleaned using the QIAGEN DNeasy PowerClean cleanup Kit. The ITS2 region was used as a DNA barcode, using the universal primers ITS3 and ITS4 and were sequenced at Macrogen Inc. (South Korea) on an Illumina MiSeq sequencer, using the MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle) following the manufacturer’s protocol.

書誌情報の引用

  1. de Menezes, G., Câmara, P., Pinto, O., Convey, P., Carvalho-Silva, M., Simões, J., ... & Rosa, L. (2021). Fungi in the Antarctic cryosphere: using DNA metabarcoding to reveal fungal diversity in glacial ice from the Antarctic Peninsula region.