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Antarctic cryosphere fungal diversity (2015)

Versão mais recente publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System em 17 de Junho de 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Publication date:
17 de Junho de 2021
License:
CC-BY 4.0

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Descrição

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) targeting Fungi (ITS) in ice samples (n=8) from the Antarctic Peninsula.

Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Como citar

Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:

de Menezes G, Camara P, Pinto O, Convey P, Calvarho-Silva M, Simões J, Rosa C, Rosa L (2021): Antarctic cryosphere fungal diversity (2015). v1.8. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=cryosphere_fungi_antarctica_2015&v=1.8

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF Registration

Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: 6c3e071e-2bd9-44e9-a4c0-5222044c1b45.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palavras-chave

Metadata

Contatos

Quem criou esse recurso:
-

Graciele de Menezes
Universidade Federal de Minas
BR
Paulo Camara
Universidade de Brasília
BR
Otavio Pinto
Universidade de Brasília
BR
Peter Convey
British Antarctic Survey
GB
Micheline Calvarho-Silva
Universidade de Brasília
BR
Jefferson Simões
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
BR
Carlos Rosa
Universidade Federal de Minas
BR
Luiz Rosa
Universidade Federal de Minas
BR

Quem pode responder a perguntas sobre o recurso:

Luiz Rosa
Universidade Federal de Minas
BR

Quem preencher os metadados:
-

Maxime Sweetlove
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Quem mais foi associado com o recurso:

Luiz Rosa
Usuário
Universidade Federal de Minas
BR

Cobertura Geográfica

Antarctica: maritime Antarctica.

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [-64,75, -62,217], Norte Leste [-62,492, -59,633]

Cobertura Temporal

Data Inicial / Data final 2015-12-01 / 2016-12-31

Dados Sobre o Projeto

Nenhuma descrição disponível

Título Antarctic cryosphere fungal diversity (2015)
Financiamento This project was funded by PROANTAR CNPq (442258/2018-6), INCT Criosfera, FAPEMIG, CAPES and FNDCT. Additional support was provided by CNPq (151195/2019-6).

O pessoal envolvido no projeto:

Luiz Rosa

Métodos de Amostragem

Samples were collected using sterile suits and gloves. Each sample was broken into smaller pieces, and surface decontamination carried out using 5% sodium hypochlorite (10 s), sterilized distilled water (10 s), and exposure to ultraviolet radiation (10 min).

Área de Estudo Glacial ice fragments of approximately 20 kg mass, were collected adjacent to the ice fronts of seven marine terminating glaciers in the South Shetland Islands and the north-west Antarctica Peninsula during the austral summer season in December 2015 and December 2016.

Descrição dos passos do método:

  1. The samples were melted and a total of 12–15 L of the resulting water Filtered through 47 mm diameter (Millipore) membranes (three membranes per sampling site, each using 4–5 L) until each membrane became saturated. Membranes were then stored at -20°C until DNA extraction.
  2. The three membranes resulting from filtering the melted ice from each sampling site were processed together in order to increase DNA yield. Total DNA was extracted using 0.5 mL extraction buffer [sodium dodecyl sulfate (SDS) 10%], left at 55°C for 18 h, followed by 165 μL NaCl (5 M) and 165 μL cetyltrimethylammonium bromide (CTAB, 10%), then 600 μL chloroform was added and the mixture centrifuged (Eppendorf/Germany) at 13,000 rpm for 10 min. The supernatant was cleaned using the QIAGEN DNeasy PowerClean cleanup Kit. The ITS2 region was used as a DNA barcode, using the universal primers ITS3 and ITS4 and were sequenced at Macrogen Inc. (South Korea) on an Illumina MiSeq sequencer, using the MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle) following the manufacturer’s protocol.

Citações bibliográficas

  1. de Menezes, G., Câmara, P., Pinto, O., Convey, P., Carvalho-Silva, M., Simões, J., ... & Rosa, L. (2021). Fungi in the Antarctic cryosphere: using DNA metabarcoding to reveal fungal diversity in glacial ice from the Antarctic Peninsula region.

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