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Microbiome (Archaea, Bacteria and Eukaryota) of lake Fryxell and lake Bonney (McMurdo Dry Valleys, Antarctica)

Última versión Publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System en 19 de marzo de 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Fecha de publicación:
19 de marzo de 2019
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

Amplicon sequencing dataset (454 pyrosequencing) of Archaea (16S), Bacteria (16S) and Eukaryote (18S) in the water column of lake Fryxell and Lake Bonney, in the McMurdo Dry valleys (Antarctica).

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Vick-Majors T, Priscu J, Amaral-Zettler L (2019): Microbiome (Archaea, Bacteria and Eukaryota) of lake Fryxell and lake Bonney (McMurdo Dry Valleys, Antarctica). v1.2. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbiome_mc_murdo_dry_valley_lakes_antarctica&v=1.2

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Este trabajo está autorizado bajo una Licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento 4.0 Internacional (CC-BY) 4.0.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 4b44031f-2271-48a8-b3d9-43b90768e071.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras clave

Metadata

Contactos

¿Quién creó el recurso?:
-

Trista Vick-Majors
Montana State University
Bozeman
US
John Priscu
Montana State University
Bozeman
US
Linda Amaral-Zettler
he Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Trista Vick-Majors
Montana State University
Bozeman
US

¿Quién documentó los metadatos?:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Usuario

Cobertura geográfica

Lake Fryxell and lake Bonney, McMurdo Dry Valleys, Antarctica

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-77,72, 162,297], Latitud Máxima Longitud Máxima [-77,72, 163,146]

Cobertura taxonómica

Archaea were profiled by targeting the v6 region of the 16S ssu rRNA gene

Dominio Archaea (Archaea)

Bacteria were profiled by targeting the v6 region of the 16S ssu rRNA gene

Dominio Bacteria (Bacteria)

Eukaryota were profiled by targeting the v9 region of the 18S ssu rRNA gene

Dominio Eukaryota (Eukaryotes)

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2007-11-22 / 2008-03-25

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título MIRADA-LTERS
Fuentes de Financiación Funding was provided by NSF DEB-0717390 (MIRADA-LTERS) and OPP-1115254, OPP-0838953, OPP-1027284 and OPP- 0839075. The Montana Space Grant Consortium provided additional funding.

Personas asociadas al proyecto:

Trista Vick-Majors

Métodos de muestreo

Duplicate samples were collected at depths of 6 m (bacterial and primary production maximum) and 9 m (chemocline; chlorophyll-a maximum) in lake Fryxell (2 November 2007 and 25 March 2008) and 13 m (chemocline; bacterial production, chlorophyll-a, primary production maximum) and 18 m (hypersaline, bottom of trophogenic zone) in lake Bonney (west Lobe; 30 November 2007 and 12 March 2008). Samples for DNA extraction were filtered onto 0.2-μM Sterivex filters (Millipore, Billerica, MA, USA) and stored with 2.0 ml of Puregene lysis buffer at −20 °C until further processing.

Área de Estudio Sampling occurred during the Austral summer and autumn in lake Fryxell and lake Bonney, Antarctica

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. DNA extraction protocols can be found at http://amarallab.mbl.edu.
  2. The V6 hypervariable regions of Archaa and bacteria were amplified, while for Eukaryota, amplification of the V9 hypervariable region followed established protocols (Amaral-Zettler et al., 2009). We multiplex-sequenced the resulting amplicons using bar-coded primers (Huber et al., 2007; Amaral-Zettler et al., 2009) on a 454 Genome Sequencer FLX (Roche, Switzerland) using the manufacturer’s recommended protocol.

Referencias bibliográficas

  1. Vick-Majors, T. J., Priscu, J. C., & Amaral-Zettler, L. A. (2014). Modular community structure suggests metabolic plasticity during the transition to polar night in ice-covered Antarctic lakes. The ISME journal, 8(4), 778.
  2. Xu, Y., Vick-Majors, T., Morgan-Kiss, R., Priscu, J. C., & Amaral-Zettler, L. (2014). Ciliate diversity, community structure, and novel taxa in lakes of the McMurdo Dry Valleys, Antarctica. The Biological Bulletin, 227(2), 175-190.

Metadatos adicionales

Identificadores alternativos 4b44031f-2271-48a8-b3d9-43b90768e071
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbiome_mc_murdo_dry_valley_lakes_antarctica