Métadonnées uniquement

Microbiome (Archaea, Bacteria and Eukaryota) of lake Fryxell and lake Bonney (McMurdo Dry Valleys, Antarctica)

Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le 19 mars 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
19 mars 2019
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Amplicon sequencing dataset (454 pyrosequencing) of Archaea (16S), Bacteria (16S) and Eukaryote (18S) in the water column of lake Fryxell and Lake Bonney, in the McMurdo Dry valleys (Antarctica).

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Vick-Majors T, Priscu J, Amaral-Zettler L (2019): Microbiome (Archaea, Bacteria and Eukaryota) of lake Fryxell and lake Bonney (McMurdo Dry Valleys, Antarctica). v1.2. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbiome_mc_murdo_dry_valley_lakes_antarctica&v=1.2

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 4b44031f-2271-48a8-b3d9-43b90768e071.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Personne ayant créé cette ressource:
-

Trista Vick-Majors
Montana State University
Bozeman
US
John Priscu
Montana State University
Bozeman
US
Linda Amaral-Zettler
he Josephine Bay Paul Center for Comparative Molecular Biology and Evolution
Woods Hole
US

Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:

Trista Vick-Majors
Montana State University
Bozeman
US

Personne ayant renseigné les métadonnées:
-

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Autres personnes associées à la ressource:

Utilisateur

Couverture géographique

Lake Fryxell and lake Bonney, McMurdo Dry Valleys, Antarctica

Enveloppe géographique Sud Ouest [-77,72, 162,297], Nord Est [-77,72, 163,146]

Couverture taxonomique

Archaea were profiled by targeting the v6 region of the 16S ssu rRNA gene

Domain Archaea (Archaea)

Bacteria were profiled by targeting the v6 region of the 16S ssu rRNA gene

Domain Bacteria (Bacteria)

Eukaryota were profiled by targeting the v9 region of the 18S ssu rRNA gene

Domain Eukaryota (Eukaryotes)

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2007-11-22 / 2008-03-25

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre MIRADA-LTERS
Financement Funding was provided by NSF DEB-0717390 (MIRADA-LTERS) and OPP-1115254, OPP-0838953, OPP-1027284 and OPP- 0839075. The Montana Space Grant Consortium provided additional funding.

Les personnes impliquées dans le projet:

Trista Vick-Majors

Méthodes d'échantillonnage

Duplicate samples were collected at depths of 6 m (bacterial and primary production maximum) and 9 m (chemocline; chlorophyll-a maximum) in lake Fryxell (2 November 2007 and 25 March 2008) and 13 m (chemocline; bacterial production, chlorophyll-a, primary production maximum) and 18 m (hypersaline, bottom of trophogenic zone) in lake Bonney (west Lobe; 30 November 2007 and 12 March 2008). Samples for DNA extraction were filtered onto 0.2-μM Sterivex filters (Millipore, Billerica, MA, USA) and stored with 2.0 ml of Puregene lysis buffer at −20 °C until further processing.

Etendue de l'étude Sampling occurred during the Austral summer and autumn in lake Fryxell and lake Bonney, Antarctica

Description des étapes de la méthode:

  1. DNA extraction protocols can be found at http://amarallab.mbl.edu.
  2. The V6 hypervariable regions of Archaa and bacteria were amplified, while for Eukaryota, amplification of the V9 hypervariable region followed established protocols (Amaral-Zettler et al., 2009). We multiplex-sequenced the resulting amplicons using bar-coded primers (Huber et al., 2007; Amaral-Zettler et al., 2009) on a 454 Genome Sequencer FLX (Roche, Switzerland) using the manufacturer’s recommended protocol.

Citations bibliographiques

  1. Vick-Majors, T. J., Priscu, J. C., & Amaral-Zettler, L. A. (2014). Modular community structure suggests metabolic plasticity during the transition to polar night in ice-covered Antarctic lakes. The ISME journal, 8(4), 778.
  2. Xu, Y., Vick-Majors, T., Morgan-Kiss, R., Priscu, J. C., & Amaral-Zettler, L. (2014). Ciliate diversity, community structure, and novel taxa in lakes of the McMurdo Dry Valleys, Antarctica. The Biological Bulletin, 227(2), 175-190.

Métadonnées additionnelles

Identifiants alternatifs 4b44031f-2271-48a8-b3d9-43b90768e071
https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbiome_mc_murdo_dry_valley_lakes_antarctica