Métadonnées uniquement

Protist diversity in a permanently ice-covered Antarctic Lake during the polar night transition

Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le 8 juin 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
8 juin 2021
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Amplicon sequencing dataset targeting eukaryote microorganisms (18S ssu rRNA marker gene) in permanently ice-covered lakes in the McMurdo Dry Valleys (Antarctica). Samples (n=89) were taken in the photic zone of the east lobe (ELB) and west lobe (WLB) of the chemically stratified Lake Bonney.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Bielewicz S, Bell E, Kong W, Froedberg I, Priscu J, Morgan-Kiss R (2021): Protist diversity in a permanently ice-covered Antarctic Lake during the polar night transition. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=protist_diversity_in_antarctic_lake_during_polar_night&v=1.1

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 8d83b6ed-c88d-4bf6-90a2-c6ade46fee16.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Personne ayant créé cette ressource:
-

Scott Bielewicz
Miami University
Oxford
US
Elanor Bell
Scottish Marine Institute
Argyll
GB
Weidong Kong
Miami University
Oxford
US
Iddo Froedberg
Miami University
Oxford
US
John Priscu
Montana State University
Bozeman
US
Rachael Morgan-Kiss
Miami University
Oxford
US

Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:

Rachael Morgan-Kiss
Miami University
Oxford
US

Personne ayant renseigné les métadonnées:
-

Maxime Sweetlove
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Autres personnes associées à la ressource:

Rachael Morgan-Kiss
Utilisateur
Miami University
Oxford
US

Couverture géographique

Lake Bonney, McMurdo Dry Valleys, Antarctica West = East =

Enveloppe géographique Sud Ouest [-77,435, 161,405], Nord Est [-77,316, 163,743]

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2010-11-18 / 2011-03-15

Données sur le projet

Mc Murdo Dry Valleys Long Term Ecological Research Project (LTER; http://www.mcmlter.org/)

Titre Protist diversity in a permanently ice-covered Antarctic Lake during the polar night transition
Financement National Science Foundation (NSF)

Les personnes impliquées dans le projet:

Rachael Morgan-Kiss

Méthodes d'échantillonnage

Samples (1 liter) were vacuum concentrated (5 kPa) onto 47 mm 0.45 µm Durapore polyvinylidene fluoride membrane filters (Millipore). The filters were frozen immediately in liquid nitrogen and transported frozen to McMurdo Station, where they were stored at -80 degrees C until DNA extraction.

Etendue de l'étude Lake Bonney in the McMurdo Dry Valleys (Antarctica). Samples were collected at 6, 13, 18, and 20m in the east lobe (ELB) and 10, 13, 15, and 20m in the west lobe (WLB) of Lake Bonney from February to April 2008. All collection depths are relative to the piezometric water level in the ice borehole.

Description des étapes de la méthode:

  1. DNA was isolated from a whole filter using the MP DNA kit (MP Biomedicals, CA) following the kit’s instruction. Sequencing was performed using the BigDye Terminator v3.1 cycle sequencing kit (ABI, CA) with M13R primer and the fragments were sequenced on an Applied Biosystems 3730×l DNA Analyzer (ABI, CA). The 18S rRNA gene sequences reported in the current study have been deposited in GenBank under accession numbers GU969060 to GU969102.

Citations bibliographiques

  1. Bielewicz, S., Bell, E., Kong, W., Friedberg, I., Priscu, J. C., & Morgan-Kiss, R. M. (2011). Protist diversity in a permanently ice-covered Antarctic Lake during the polar night transition. The ISME Journal, 5(9), 1559–1564. doi:10.1038/ismej.2011.23