Описание
Amplicon sequencing dataset targeting eukaryote microorganisms (18S ssu rRNA marker gene) in permanently ice-covered lakes in the McMurdo Dry Valleys (Antarctica). Samples (n=89) were taken in the photic zone of the east lobe (ELB) and west lobe (WLB) of the chemically stratified Lake Bonney.
Версии
В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.
Как оформить ссылку
Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:
Bielewicz S, Bell E, Kong W, Froedberg I, Priscu J, Morgan-Kiss R (2021): Protist diversity in a permanently ice-covered Antarctic Lake during the polar night transition. v1.1. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=protist_diversity_in_antarctic_lake_during_polar_night&v=1.1
Права
Исследователи должны соблюдать следующие права:
Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).
Регистрация в GBIF
Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 8d83b6ed-c88d-4bf6-90a2-c6ade46fee16. SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.
Ключевые слова
Metadata
Контакты
- Originator
- Originator
- Originator
- Originator
- Originator
- Originator ●
- User ●
- Point Of Contact
- Metadata Provider
Географический охват
Lake Bonney, McMurdo Dry Valleys, Antarctica West = East =
| Ограничивающие координаты | Юг Запад [-77,435, 161,405], Север Восток [-77,316, 163,743] |
|---|
Временной охват
| Дата начала / Дата окончания | 2010-11-18 / 2011-03-15 |
|---|
Данные проекта
Mc Murdo Dry Valleys Long Term Ecological Research Project (LTER; http://www.mcmlter.org/)
| Название | Protist diversity in a permanently ice-covered Antarctic Lake during the polar night transition |
|---|---|
| Финансирование | National Science Foundation (NSF) |
Исполнители проекта:
Методы сбора
Samples (1 liter) were vacuum concentrated (5 kPa) onto 47 mm 0.45 µm Durapore polyvinylidene fluoride membrane filters (Millipore). The filters were frozen immediately in liquid nitrogen and transported frozen to McMurdo Station, where they were stored at -80 degrees C until DNA extraction.
| Охват исследования | Lake Bonney in the McMurdo Dry Valleys (Antarctica). Samples were collected at 6, 13, 18, and 20m in the east lobe (ELB) and 10, 13, 15, and 20m in the west lobe (WLB) of Lake Bonney from February to April 2008. All collection depths are relative to the piezometric water level in the ice borehole. |
|---|
Описание этапа методики:
- DNA was isolated from a whole filter using the MP DNA kit (MP Biomedicals, CA) following the kit’s instruction. Sequencing was performed using the BigDye Terminator v3.1 cycle sequencing kit (ABI, CA) with M13R primer and the fragments were sequenced on an Applied Biosystems 3730×l DNA Analyzer (ABI, CA). The 18S rRNA gene sequences reported in the current study have been deposited in GenBank under accession numbers GU969060 to GU969102.
Библиографические ссылки
- Bielewicz, S., Bell, E., Kong, W., Friedberg, I., Priscu, J. C., & Morgan-Kiss, R. M. (2011). Protist diversity in a permanently ice-covered Antarctic Lake during the polar night transition. The ISME Journal, 5(9), 1559–1564. doi:10.1038/ismej.2011.23
Дополнительные метаданные
| Альтернативные идентификаторы | https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=protist_diversity_in_antarctic_lake_during_polar_night |
|---|