Aeolian microbial dispersal limitation to Antarctica (2017)

メタデータ
最新バージョン SCAR - Microbial Antarctic Resource System により出版 6月 16, 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
公開日:
2021年6月16日
ライセンス:
CC-BY 4.0

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説明

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) targeting Bacteria (16S ssu rRNA) and Fungi (ITS) in samples (n=110) from soils and aerosol in the McMurdo Dry Valleys and New Zealand.

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Archer S, Maestre F, Maki T, Lee C, Cowan D, Pointing S (2021): Aeolian microbial dispersal limitation to Antarctica (2017). v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=aeolian_microbes_antarctica&v=1.0

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 800104b4-cea6-41d7-8944-0fdcca7a7aa8が割り当てられています。   Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Metadata

連絡先

Stephen Archer
  • 最初のデータ採集者 ●
  • データ利用者 ●
  • 連絡先
Institute for Applied Ecology New Zealand
Auckland
NZ
Fernando Maestre
  • 最初のデータ採集者
Universidad Rey Juan Carlos
Mostoles
ES
Teruya Maki
  • 最初のデータ採集者
Kanazawa University
Kanazawa
JP
Charles Lee
  • 最初のデータ採集者
University of Waikato
Hamilton
NZ
Don Cowan
  • 最初のデータ採集者
University of Pretoria
Pretoria
ZA
Stephen Pointing
  • 最初のデータ採集者
Institute for Applied Ecology New Zealand
Auckland
NZ
Maxime Sweetlove
  • メタデータ提供者
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

地理的範囲

Antarctica:McMurdo Dry Valleys:Bull Pass, Valley ridge; New Zealand:Glen Eden, Auckland

座標（緯度経度） 南 西 [-77.519, 161.769], 北 東 [-36.916, 174.646]

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル Aeolian microbial dispersal limitation to Antarctica (2017)
ファンデイング Funding was provided by a grant from the New Zealand Ministry of Business, Innovation & Employment (UOWX1401) and the Yale-NUS College Start-Up Fund. Additional support was given by the European Research Council (BIODESERT project, ERC Grant agreement n° 647038).

プロジェクトに携わる要員:

Stephen Archer

収集方法

Sampling of air mass above the boundary layer for surface influence was achieved by mounting the apparatus in a helicopter with an external sampling port.

Study Extent Air mass at near-surface (1.5m above ground) and underlying soil was sampled from 11 to 23 January 2017 at valley and elevated locations throughout the Wright Valley, McMurdo Dry Valleys, Antarctica. Comparison samples were taken from the North Island of New Zealand.

Method step description:

  1. Total DNA was directly extracted using a CTAB protocol. DNA yield for these ultra-low biomass samples was quantified using the Qubit 2.0 Fluorometer (Invitrogen) in the range 1.06-8.44ng. Samples were then stored at -20 C. Illumina MiSeq libraries were prepared as per manufacturer’s protocol (Metagenomic Sequencing Library Preparation Part # 15044223 Rev. B; Illumina, San Diego, CA, USA) and with PhiX positive controls. Bacteria and Fungi were targeted with domain-specific PCR primers PCR1 forward (5’ TCGTCGGCAGCGTCAGATGT GTATAAGAGA CAGCCTACGG GNGGCWGCAG 3’) and PCR1 reverse (5’ GTCTCGTGGG CTCGGAGATG TGTATAAGAG ACAGGACTAC HVGGGTATCT AATCC 3’) and the internal transcribed spacer region of fungal 18S and 5.8S rRNA genes: ITS1 forward (5' CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA 3') and ITS2 reverse (5' GCTGCGTTCTTCATCGATGC 3').

書誌情報の引用

  1. Archer, S., Lee, K., Caruso, T., Maki, T., Lee, C., Cowan, D., ... & Pointing, S. (2018). Microbial dispersal limitation to isolated soil habitats in the McMurdo Dry Valleys of Antarctica. bioRxiv, 493411. https://doi.org/10.1101/493411