Antarctic polar desert surface soil microbiome

Última versión Publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System en Mar 28, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Whole-genome shotgun sequencing dataset targeting microbes in three soil samples from pristine polar desert at Robinson Ridge (eastern Antarctica)

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Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere C, Bay S, Steen J, Montgomery K, Lines T, van Dorst J, Snape I, Stott M, Hugenholtz P, Ferrari B (2019): Antarctic polar desert surface soil microbiome. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome&v=1.0

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: ef36ddd4-b37c-4467-9ad4-eb77d679959b.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras Clave

Metadata

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Mukan Ji
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Chris Greening
Monash University Clayton AU
Inka Vanwonterghem
University of Queensland St Lucia AU
Carlo Carere
Wairakei Research Centre Wairakei NZ
Sean Bay
Monash University Clayton AU
Jason Steen
University of Queensland St. Lucia AU
Kate Montgomery
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Thomas Lines
Monash University Clayton AU
Josie van Dorst
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Ian Snape
Australian Antarctic Division Kingston AU
Matthew Stott
Wairakei Research Centre Wairakei NZ
Philip Hugenholtz
University of Queensland St. Lucia AU
Belinda Ferrari
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Mukan Ji
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Chris Greening
Monash University Clayton AU
Belinda Ferrari
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU

¿Quién documentó los metadatos?:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels BE

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Usuario

Cobertura Geográfica

Robinson Ridge, east Antarctica

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-66.37, 110.586], Latitud Máxima Longitud Máxima [-66.37, 110.586]

Cobertura Taxonómica

whole genome shotgun sequencing

Dominio  Bacteria (Bacteria),  Archaea (Archaea),  Eukaryota (Eukaryotes),  Viri (viruses)

Cobertura Temporal

Fecha Inicial 2015-12-13

Datos del Proyecto

No hay descripción disponible

Título Bioplatforms Australia
Fuentes de Financiación This work was supported by Bioplatforms Australia, an Australian Antarctic Science project grant (4406), an ARC Future Fellowship (FT170100341), an ARC DECRA Fellowship (DE170100310), an ARC DORA and Laureate Fellowship (DP120103498 and FL150100038), and a Marsden Grant (16-GNS-035). UNSW Sydney, the Centre for Geometric Biology (Monash University), and the Geothermal Resources of New Zealand research program (GNS Science) also provided funding to support this research.

Personas asociadas al proyecto:

Mukan Ji

Métodos de Muestreo

Samples were collected along a spatially explicit sampling design comprised of three 300-m-long transects, separated by 2-m distances from each other. Samples were sieved down to 63 μm, aliquoted into 5–25-g subsamples, and stored at −80 °C until analysis.

Área de Estudio samples were taken at the ice free Robinson Ridge (−66.367739, 110.585262), located 10 km south of Casey station in the Windmill Islands coast of Wilkes Land, is part of a pristine polar desert. Three surface soil samples (100 g) from the top 10 cm of the soil profile were collected in December 2005.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Total community DNA was extracted from 0.25–0.3 g of each sample in technical triplicate using the FastDNA SPIN Kit for Soil (MP Biomedicals). All DNA extracts were quantified and DNA lysate quality was evaluated using automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA).
  2. Metagenome libraries were prepared using the Nextera DNA Library Preparation Kit (Illumina) and sequenced using three-fifths of an Illumina HiSeq2000 flowcell lane at the Institute for Molecular Biosciences (University of Queensland).

Referencias Bibliográficas

  1. Ji, M., Greening, C., Vanwonterghem, I., Carere, C. R., Bay, S. K., Steen, J. A., ... & Snape, I. (2017). Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil. Nature, 552(7685), 400. https://doi.org/10.1038/nature25014

Metadatos Adicionales

Identificadores Alternativos https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome