Antarctic polar desert surface soil microbiome

最新バージョン SCAR - Microbial Antarctic Resource System によって公開 Mar 28, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Whole-genome shotgun sequencing dataset targeting microbes in three soil samples from pristine polar desert at Robinson Ridge (eastern Antarctica)

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バージョン

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引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere C, Bay S, Steen J, Montgomery K, Lines T, van Dorst J, Snape I, Stott M, Hugenholtz P, Ferrari B (2019): Antarctic polar desert surface soil microbiome. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome&v=1.0

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: ef36ddd4-b37c-4467-9ad4-eb77d679959bが割り当てられています。   Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Metadata

連絡先

リソースを作成した人:

Mukan Ji
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Chris Greening
Monash University Clayton AU
Inka Vanwonterghem
University of Queensland St Lucia AU
Carlo Carere
Wairakei Research Centre Wairakei NZ
Sean Bay
Monash University Clayton AU
Jason Steen
University of Queensland St. Lucia AU
Kate Montgomery
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Thomas Lines
Monash University Clayton AU
Josie van Dorst
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Ian Snape
Australian Antarctic Division Kingston AU
Matthew Stott
Wairakei Research Centre Wairakei NZ
Philip Hugenholtz
University of Queensland St. Lucia AU
Belinda Ferrari
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU

リソースに関する質問に答えることができる人:

Mukan Ji
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Chris Greening
Monash University Clayton AU
Belinda Ferrari
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU

メタデータを記載した人:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels BE

他に、リソースに関連付けられていた人:

データ利用者

地理的範囲

Robinson Ridge, east Antarctica

座標(緯度経度) 南 西 [-66.37, 110.586], 北 東 [-66.37, 110.586]

生物分類学的範囲

whole genome shotgun sequencing

Domain  Bacteria (Bacteria),  Archaea (Archaea),  Eukaryota (Eukaryotes),  Viri (viruses)

時間的範囲

開始日 2015-12-13

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル Bioplatforms Australia
ファンデイング This work was supported by Bioplatforms Australia, an Australian Antarctic Science project grant (4406), an ARC Future Fellowship (FT170100341), an ARC DECRA Fellowship (DE170100310), an ARC DORA and Laureate Fellowship (DP120103498 and FL150100038), and a Marsden Grant (16-GNS-035). UNSW Sydney, the Centre for Geometric Biology (Monash University), and the Geothermal Resources of New Zealand research program (GNS Science) also provided funding to support this research.

プロジェクトに携わる要員:

Mukan Ji

収集方法

Samples were collected along a spatially explicit sampling design comprised of three 300-m-long transects, separated by 2-m distances from each other. Samples were sieved down to 63 μm, aliquoted into 5–25-g subsamples, and stored at −80 °C until analysis.

Study Extent samples were taken at the ice free Robinson Ridge (−66.367739, 110.585262), located 10 km south of Casey station in the Windmill Islands coast of Wilkes Land, is part of a pristine polar desert. Three surface soil samples (100 g) from the top 10 cm of the soil profile were collected in December 2005.

Method step description:

  1. Total community DNA was extracted from 0.25–0.3 g of each sample in technical triplicate using the FastDNA SPIN Kit for Soil (MP Biomedicals). All DNA extracts were quantified and DNA lysate quality was evaluated using automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA).
  2. Metagenome libraries were prepared using the Nextera DNA Library Preparation Kit (Illumina) and sequenced using three-fifths of an Illumina HiSeq2000 flowcell lane at the Institute for Molecular Biosciences (University of Queensland).

書誌情報の引用

  1. Ji, M., Greening, C., Vanwonterghem, I., Carere, C. R., Bay, S. K., Steen, J. A., ... & Snape, I. (2017). Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil. Nature, 552(7685), 400. https://doi.org/10.1038/nature25014