Antarctic polar desert surface soil microbiome

メタデータ
最新バージョン SCAR - Microbial Antarctic Resource System により出版 3月 28, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
公開日:
2019年3月28日
ライセンス:
CC-BY 4.0

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説明

Whole-genome shotgun sequencing dataset targeting microbes in three soil samples from pristine polar desert at Robinson Ridge (eastern Antarctica)

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere C, Bay S, Steen J, Montgomery K, Lines T, van Dorst J, Snape I, Stott M, Hugenholtz P, Ferrari B (2019): Antarctic polar desert surface soil microbiome. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome&v=1.0

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: ef36ddd4-b37c-4467-9ad4-eb77d679959bが割り当てられています。   Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Metadata

連絡先

Mukan Ji
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Chris Greening
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
Monash University
Clayton
AU
Inka Vanwonterghem
  • 最初のデータ採集者
University of Queensland
St Lucia
AU
Carlo Carere
  • 最初のデータ採集者
Wairakei Research Centre
Wairakei
NZ
Sean Bay
  • 最初のデータ採集者
Monash University
Clayton
AU
Jason Steen
  • 最初のデータ採集者
University of Queensland
St. Lucia
AU
Kate Montgomery
  • 最初のデータ採集者
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Thomas Lines
  • 最初のデータ採集者
Monash University
Clayton
AU
Josie van Dorst
  • 最初のデータ採集者
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Ian Snape
  • 最初のデータ採集者
Australian Antarctic Division
Kingston
AU
Matthew Stott
  • 最初のデータ採集者
Wairakei Research Centre
Wairakei
NZ
Philip Hugenholtz
  • 最初のデータ採集者
University of Queensland
St. Lucia
AU
Belinda Ferrari
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Maxime Sweetlove
  • メタデータ提供者
  • Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
  • Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

地理的範囲

Robinson Ridge, east Antarctica

座標（緯度経度） 南 西 [-66.37, 110.586], 北 東 [-66.37, 110.586]

生物分類学的範囲

whole genome shotgun sequencing

Domain Bacteria (Bacteria), Archaea (Archaea), Eukaryota (Eukaryotes), Viri (viruses)

時間的範囲

開始日 2015-12-13

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル Bioplatforms Australia
ファンデイング This work was supported by Bioplatforms Australia, an Australian Antarctic Science project grant (4406), an ARC Future Fellowship (FT170100341), an ARC DECRA Fellowship (DE170100310), an ARC DORA and Laureate Fellowship (DP120103498 and FL150100038), and a Marsden Grant (16-GNS-035). UNSW Sydney, the Centre for Geometric Biology (Monash University), and the Geothermal Resources of New Zealand research program (GNS Science) also provided funding to support this research.

プロジェクトに携わる要員:

Mukan Ji

収集方法

Samples were collected along a spatially explicit sampling design comprised of three 300-m-long transects, separated by 2-m distances from each other. Samples were sieved down to 63 μm, aliquoted into 5–25-g subsamples, and stored at −80 °C until analysis.

Study Extent samples were taken at the ice free Robinson Ridge (−66.367739, 110.585262), located 10 km south of Casey station in the Windmill Islands coast of Wilkes Land, is part of a pristine polar desert. Three surface soil samples (100 g) from the top 10 cm of the soil profile were collected in December 2005.

Method step description:

  1. Total community DNA was extracted from 0.25–0.3 g of each sample in technical triplicate using the FastDNA SPIN Kit for Soil (MP Biomedicals). All DNA extracts were quantified and DNA lysate quality was evaluated using automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA).
  2. Metagenome libraries were prepared using the Nextera DNA Library Preparation Kit (Illumina) and sequenced using three-fifths of an Illumina HiSeq2000 flowcell lane at the Institute for Molecular Biosciences (University of Queensland).

書誌情報の引用

  1. Ji, M., Greening, C., Vanwonterghem, I., Carere, C. R., Bay, S. K., Steen, J. A., ... & Snape, I. (2017). Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil. Nature, 552(7685), 400. https://doi.org/10.1038/nature25014