Description
Whole-genome shotgun sequencing dataset targeting microbes in three soil samples from pristine polar desert at Robinson Ridge (eastern Antarctica)
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Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere C, Bay S, Steen J, Montgomery K, Lines T, van Dorst J, Snape I, Stott M, Hugenholtz P, Ferrari B (2019): Antarctic polar desert surface soil microbiome. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome&v=1.0
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : ef36ddd4-b37c-4467-9ad4-eb77d679959b. SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.
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Couverture géographique
Robinson Ridge, east Antarctica
Enveloppe géographique | Sud Ouest [-66,37, 110,586], Nord Est [-66,37, 110,586] |
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Couverture taxonomique
whole genome shotgun sequencing
Domain | Bacteria (Bacteria), Archaea (Archaea), Eukaryota (Eukaryotes), Viri (viruses) |
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Couverture temporelle
Date de début | 2015-12-13 |
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Données sur le projet
Pas de description disponible
Titre | Bioplatforms Australia |
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Financement | This work was supported by Bioplatforms Australia, an Australian Antarctic Science project grant (4406), an ARC Future Fellowship (FT170100341), an ARC DECRA Fellowship (DE170100310), an ARC DORA and Laureate Fellowship (DP120103498 and FL150100038), and a Marsden Grant (16-GNS-035). UNSW Sydney, the Centre for Geometric Biology (Monash University), and the Geothermal Resources of New Zealand research program (GNS Science) also provided funding to support this research. |
Les personnes impliquées dans le projet:
Méthodes d'échantillonnage
Samples were collected along a spatially explicit sampling design comprised of three 300-m-long transects, separated by 2-m distances from each other. Samples were sieved down to 63 μm, aliquoted into 5–25-g subsamples, and stored at −80 °C until analysis.
Etendue de l'étude | samples were taken at the ice free Robinson Ridge (−66.367739, 110.585262), located 10 km south of Casey station in the Windmill Islands coast of Wilkes Land, is part of a pristine polar desert. Three surface soil samples (100 g) from the top 10 cm of the soil profile were collected in December 2005. |
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Description des étapes de la méthode:
- Total community DNA was extracted from 0.25–0.3 g of each sample in technical triplicate using the FastDNA SPIN Kit for Soil (MP Biomedicals). All DNA extracts were quantified and DNA lysate quality was evaluated using automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA).
- Metagenome libraries were prepared using the Nextera DNA Library Preparation Kit (Illumina) and sequenced using three-fifths of an Illumina HiSeq2000 flowcell lane at the Institute for Molecular Biosciences (University of Queensland).
Citations bibliographiques
- Ji, M., Greening, C., Vanwonterghem, I., Carere, C. R., Bay, S. K., Steen, J. A., ... & Snape, I. (2017). Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil. Nature, 552(7685), 400. https://doi.org/10.1038/nature25014
Métadonnées additionnelles
Identifiants alternatifs | https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome |
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