Antarctic polar desert surface soil microbiome

Métadonnées uniquement
Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le mars 28, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
28 mars 2019
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Whole-genome shotgun sequencing dataset targeting microbes in three soil samples from pristine polar desert at Robinson Ridge (eastern Antarctica)

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere C, Bay S, Steen J, Montgomery K, Lines T, van Dorst J, Snape I, Stott M, Hugenholtz P, Ferrari B (2019): Antarctic polar desert surface soil microbiome. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : ef36ddd4-b37c-4467-9ad4-eb77d679959b.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Mukan Ji
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Chris Greening
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Monash University
Clayton
AU
Inka Vanwonterghem
  • Créateur
University of Queensland
St Lucia
AU
Carlo Carere
  • Créateur
Wairakei Research Centre
Wairakei
NZ
Sean Bay
  • Créateur
Monash University
Clayton
AU
Jason Steen
  • Créateur
University of Queensland
St. Lucia
AU
Kate Montgomery
  • Créateur
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Thomas Lines
  • Créateur
Monash University
Clayton
AU
Josie van Dorst
  • Créateur
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Ian Snape
  • Créateur
Australian Antarctic Division
Kingston
AU
Matthew Stott
  • Créateur
Wairakei Research Centre
Wairakei
NZ
Philip Hugenholtz
  • Créateur
University of Queensland
St. Lucia
AU
Belinda Ferrari
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Maxime Sweetlove
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
  • Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Couverture géographique

Robinson Ridge, east Antarctica

Enveloppe géographique Sud Ouest [-66,37, 110,586], Nord Est [-66,37, 110,586]

Couverture taxonomique

whole genome shotgun sequencing

Domain Bacteria (Bacteria), Archaea (Archaea), Eukaryota (Eukaryotes), Viri (viruses)

Couverture temporelle

Date de début 2015-12-13

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Bioplatforms Australia
Financement This work was supported by Bioplatforms Australia, an Australian Antarctic Science project grant (4406), an ARC Future Fellowship (FT170100341), an ARC DECRA Fellowship (DE170100310), an ARC DORA and Laureate Fellowship (DP120103498 and FL150100038), and a Marsden Grant (16-GNS-035). UNSW Sydney, the Centre for Geometric Biology (Monash University), and the Geothermal Resources of New Zealand research program (GNS Science) also provided funding to support this research.

Les personnes impliquées dans le projet:

Mukan Ji

Méthodes d'échantillonnage

Samples were collected along a spatially explicit sampling design comprised of three 300-m-long transects, separated by 2-m distances from each other. Samples were sieved down to 63 μm, aliquoted into 5–25-g subsamples, and stored at −80 °C until analysis.

Etendue de l'étude samples were taken at the ice free Robinson Ridge (−66.367739, 110.585262), located 10 km south of Casey station in the Windmill Islands coast of Wilkes Land, is part of a pristine polar desert. Three surface soil samples (100 g) from the top 10 cm of the soil profile were collected in December 2005.

Description des étapes de la méthode:

  1. Total community DNA was extracted from 0.25–0.3 g of each sample in technical triplicate using the FastDNA SPIN Kit for Soil (MP Biomedicals). All DNA extracts were quantified and DNA lysate quality was evaluated using automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA).
  2. Metagenome libraries were prepared using the Nextera DNA Library Preparation Kit (Illumina) and sequenced using three-fifths of an Illumina HiSeq2000 flowcell lane at the Institute for Molecular Biosciences (University of Queensland).

Citations bibliographiques

  1. Ji, M., Greening, C., Vanwonterghem, I., Carere, C. R., Bay, S. K., Steen, J. A., ... & Snape, I. (2017). Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil. Nature, 552(7685), 400. https://doi.org/10.1038/nature25014

Métadonnées additionnelles