Antarctic polar desert surface soil microbiome

Metadata-only
Последняя версия опубликовано SCAR - Microbial Antarctic Resource System мар. 28, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Дата публикации:
28 марта 2019 г.
Опубликовано:
SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (12 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (12 KB)

Описание

Whole-genome shotgun sequencing dataset targeting microbes in three soil samples from pristine polar desert at Robinson Ridge (eastern Antarctica)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere C, Bay S, Steen J, Montgomery K, Lines T, van Dorst J, Snape I, Stott M, Hugenholtz P, Ferrari B (2019): Antarctic polar desert surface soil microbiome. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: ef36ddd4-b37c-4467-9ad4-eb77d679959b.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Mukan Ji
  • Originator ●
  • Point Of Contact
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Chris Greening
  • Originator ●
  • Point Of Contact
Monash University
Clayton
AU
Inka Vanwonterghem
  • Originator
University of Queensland
St Lucia
AU
Carlo Carere
  • Originator
Wairakei Research Centre
Wairakei
NZ
Sean Bay
  • Originator
Monash University
Clayton
AU
Jason Steen
  • Originator
University of Queensland
St. Lucia
AU
Kate Montgomery
  • Originator
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Thomas Lines
  • Originator
Monash University
Clayton
AU
Josie van Dorst
  • Originator
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Ian Snape
  • Originator
Australian Antarctic Division
Kingston
AU
Matthew Stott
  • Originator
Wairakei Research Centre
Wairakei
NZ
Philip Hugenholtz
  • Originator
University of Queensland
St. Lucia
AU
Belinda Ferrari
  • Originator ●
  • Point Of Contact
Australian Centre for Astrobiology
Randwick
AU
Maxime Sweetlove
  • Metadata Provider
  • Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
  • Rue Vautier 29
1000 Brussels
BE

Географический охват

Robinson Ridge, east Antarctica

Ограничивающие координаты Юг Запад [-66,37, 110,586], Север Восток [-66,37, 110,586]

Таксономический охват

whole genome shotgun sequencing

Domain Bacteria (Bacteria), Archaea (Archaea), Eukaryota (Eukaryotes), Viri (viruses)

Временной охват

Дата начала 2015-12-13

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название Bioplatforms Australia
Финансирование This work was supported by Bioplatforms Australia, an Australian Antarctic Science project grant (4406), an ARC Future Fellowship (FT170100341), an ARC DECRA Fellowship (DE170100310), an ARC DORA and Laureate Fellowship (DP120103498 and FL150100038), and a Marsden Grant (16-GNS-035). UNSW Sydney, the Centre for Geometric Biology (Monash University), and the Geothermal Resources of New Zealand research program (GNS Science) also provided funding to support this research.

Исполнители проекта:

Mukan Ji

Методы сбора

Samples were collected along a spatially explicit sampling design comprised of three 300-m-long transects, separated by 2-m distances from each other. Samples were sieved down to 63 μm, aliquoted into 5–25-g subsamples, and stored at −80 °C until analysis.

Охват исследования samples were taken at the ice free Robinson Ridge (−66.367739, 110.585262), located 10 km south of Casey station in the Windmill Islands coast of Wilkes Land, is part of a pristine polar desert. Three surface soil samples (100 g) from the top 10 cm of the soil profile were collected in December 2005.

Описание этапа методики:

  1. Total community DNA was extracted from 0.25–0.3 g of each sample in technical triplicate using the FastDNA SPIN Kit for Soil (MP Biomedicals). All DNA extracts were quantified and DNA lysate quality was evaluated using automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA).
  2. Metagenome libraries were prepared using the Nextera DNA Library Preparation Kit (Illumina) and sequenced using three-fifths of an Illumina HiSeq2000 flowcell lane at the Institute for Molecular Biosciences (University of Queensland).

Библиографические ссылки

  1. Ji, M., Greening, C., Vanwonterghem, I., Carere, C. R., Bay, S. K., Steen, J. A., ... & Snape, I. (2017). Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil. Nature, 552(7685), 400. https://doi.org/10.1038/nature25014

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome