Antarctic polar desert surface soil microbiome

Последняя версия опубликована SCAR - Microbial Antarctic Resource System Mar 28, 2019 SCAR - Microbial Antarctic Resource System

Whole-genome shotgun sequencing dataset targeting microbes in three soil samples from pristine polar desert at Robinson Ridge (eastern Antarctica)

Загрузки

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (12 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (12 KB)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere C, Bay S, Steen J, Montgomery K, Lines T, van Dorst J, Snape I, Stott M, Hugenholtz P, Ferrari B (2019): Antarctic polar desert surface soil microbiome. v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: ef36ddd4-b37c-4467-9ad4-eb77d679959b.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Кто является создателем ресурса:

Mukan Ji
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Chris Greening
Monash University Clayton AU
Inka Vanwonterghem
University of Queensland St Lucia AU
Carlo Carere
Wairakei Research Centre Wairakei NZ
Sean Bay
Monash University Clayton AU
Jason Steen
University of Queensland St. Lucia AU
Kate Montgomery
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Thomas Lines
Monash University Clayton AU
Josie van Dorst
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Ian Snape
Australian Antarctic Division Kingston AU
Matthew Stott
Wairakei Research Centre Wairakei NZ
Philip Hugenholtz
University of Queensland St. Lucia AU
Belinda Ferrari
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Mukan Ji
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU
Chris Greening
Monash University Clayton AU
Belinda Ferrari
Australian Centre for Astrobiology Randwick AU

Кем заполнены метаданные:

Maxime Sweetlove
Research assistent
Royal Belgian Institute of Natural Sciences Rue Vautier 29 1000 Brussels BE

Кто еще связан с данным ресурсом:

User

Географический охват

Robinson Ridge, east Antarctica

Ограничивающие координаты Юг Запад [-66.37, 110.586], Север Восток [-66.37, 110.586]

Таксономический охват

whole genome shotgun sequencing

Domain  Bacteria (Bacteria),  Archaea (Archaea),  Eukaryota (Eukaryotes),  Viri (viruses)

Временной охват

Дата начала 2015-12-13

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название Bioplatforms Australia
Финансирование This work was supported by Bioplatforms Australia, an Australian Antarctic Science project grant (4406), an ARC Future Fellowship (FT170100341), an ARC DECRA Fellowship (DE170100310), an ARC DORA and Laureate Fellowship (DP120103498 and FL150100038), and a Marsden Grant (16-GNS-035). UNSW Sydney, the Centre for Geometric Biology (Monash University), and the Geothermal Resources of New Zealand research program (GNS Science) also provided funding to support this research.

Исполнители проекта:

Mukan Ji

Методы сбора

Samples were collected along a spatially explicit sampling design comprised of three 300-m-long transects, separated by 2-m distances from each other. Samples were sieved down to 63 μm, aliquoted into 5–25-g subsamples, and stored at −80 °C until analysis.

Охват исследования samples were taken at the ice free Robinson Ridge (−66.367739, 110.585262), located 10 km south of Casey station in the Windmill Islands coast of Wilkes Land, is part of a pristine polar desert. Three surface soil samples (100 g) from the top 10 cm of the soil profile were collected in December 2005.

Описание этапа методики:

  1. Total community DNA was extracted from 0.25–0.3 g of each sample in technical triplicate using the FastDNA SPIN Kit for Soil (MP Biomedicals). All DNA extracts were quantified and DNA lysate quality was evaluated using automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA).
  2. Metagenome libraries were prepared using the Nextera DNA Library Preparation Kit (Illumina) and sequenced using three-fifths of an Illumina HiSeq2000 flowcell lane at the Institute for Molecular Biosciences (University of Queensland).

Библиографические ссылки

  1. Ji, M., Greening, C., Vanwonterghem, I., Carere, C. R., Bay, S. K., Steen, J. A., ... & Snape, I. (2017). Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil. Nature, 552(7685), 400. https://doi.org/10.1038/nature25014

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=antarctic_desert_surface_soil_microbiome