Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017)

Solamente metadatos
Última versión publicado por SCAR - Microbial Antarctic Resource System el jun 18, 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Fecha de publicación:
18 de junio de 2021
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) targeting Eukaryota (18S ssu rRNA) and Bacteria (16S ssu rRNA) in red or green colored snow samples (n=10) from Fildes Peninsula, Antarctica (2017).

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

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Luo W, Ding H, Li H, Ji Z, Huang K, Zhao W, Yu Y, Zeng Y (2021): Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017). v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbial_communities_colored_snow_antarctica_2017&v=1.0

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: de1c2235-6bf9-4443-bb5c-e0f0feb8ca77.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Scientific Committee on Antarctic Research.

Palabras clave

Metadata

Contactos

Wei Luo
  • Originador ●
  • Usuario ●
  • Punto De Contacto
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Haitao Ding
  • Originador
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Huirong Li
  • Originador
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Zhongqiang Ji
  • Originador
Second Institute of Oceanography
Hangzhou
CN
Kaiyao Huang
  • Originador
Chinese Academy of Sciences
Wuhan
CN
Wenyu Zhao
  • Originador
CN
Yong Yu
  • Originador
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Yinxin Zeng
  • Originador
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Maxime Sweetlove
  • Proveedor De Los Metadatos
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Cobertura geográfica

Antarctica:Fildes Peninsula

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-62,206, -58,971], Latitud Máxima Longitud Máxima [-62,191, -58,964]

Cobertura temporal

Fecha Inicial 2017-01-30

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017)
Fuentes de Financiación This research was supported by the National Natural Science Foundation of China (No. 91851201; No. 41376191), the National Key R&D Program of China (No: 2018YFC1406903), the State Key Laboratory of Microbial Metabolism (Shanghai Jiao Tong University, China: MMLKF16-10), and the Key Research and Development Program of Science and Technology Innovation Project of Hunan Province (2018SK2011).

Personas asociadas al proyecto:

Wei Luo

Métodos de muestreo

Samples were taken aseptically, using a 30 × 30 cm colored snow squares for each sampling station.

Área de Estudio Colored snow samples (500 mL) from Fildes Peninsula (Antarctica) taken on 2017-01-30.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Samples were allowed to naturally melt (≤ 10 °C) and were subsequently filtered through a 0.2 μm nucleopore membrane filter (Whatman). The filters were frozen at − 80 °C in cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) buffer until analysis. DNA extraction was performed as described by Luo et al. (2017). PCR of microbial eukaryotes targeted the V4 region of the 18S ribosomal RNA (rRNA) gene: forward primer 3NDf (5ʹ-GGCAAGTCTGGTGCCAG-3ʹ) and reverse primer V4_euk_R2 (5ʹ-ACGGTATCTRATCRTCTTCG-3ʹ). The V4–V5 hypervariable regions of the bacte- rial 16S rRNA gene were amplified using PCR with the universal primers 515F-Y (5ʹ-GTGYCAGCMGCCGCG GTAA-3ʹ) and 926R (5ʹ-CCGYCAATTYMTTTRAG TTT-3ʹ).
  2. PCR products were pooled and purified using a DNA gel extraction kit (Axygen, Hangzhou, China). The DNA concentration was determined using a Quant-iT PicoGreen double-stranded DNA assay (Invitrogen, Germany), and quality was examined with a TBS-380 Mini-Fluorometer (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA). Finally, amplicons of all samples were pooled in equimolar concentrations and sequenced on an Illumina MiSeq2000 platform.

Referencias bibliográficas

  1. Luo, W., Ding, H., Li, H., Ji, Z., Huang, K., Zhao, W., ... & Zeng, Y. (2020). Molecular diversity of the microbial community in coloured snow from the Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica). Polar Biology, 43(9), 1391-1405.