Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017)

Métadonnées uniquement
Dernière version Publié par SCAR - Microbial Antarctic Resource System le juin 18, 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Date de publication:
18 juin 2021
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) targeting Eukaryota (18S ssu rRNA) and Bacteria (16S ssu rRNA) in red or green colored snow samples (n=10) from Fildes Peninsula, Antarctica (2017).

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Luo W, Ding H, Li H, Ji Z, Huang K, Zhao W, Yu Y, Zeng Y (2021): Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017). v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbial_communities_colored_snow_antarctica_2017&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : de1c2235-6bf9-4443-bb5c-e0f0feb8ca77.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Scientific Committee on Antarctic Research.

Mots-clé

Metadata

Contacts

Wei Luo
  • Créateur ●
  • Utilisateur ●
  • Personne De Contact
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Haitao Ding
  • Créateur
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Huirong Li
  • Créateur
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Zhongqiang Ji
  • Créateur
Second Institute of Oceanography
Hangzhou
CN
Kaiyao Huang
  • Créateur
Chinese Academy of Sciences
Wuhan
CN
Wenyu Zhao
  • Créateur
CN
Yong Yu
  • Créateur
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Yinxin Zeng
  • Créateur
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Maxime Sweetlove
  • Fournisseur Des Métadonnées
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Couverture géographique

Antarctica:Fildes Peninsula

Enveloppe géographique Sud Ouest [-62,206, -58,971], Nord Est [-62,191, -58,964]

Couverture temporelle

Date de début 2017-01-30

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017)
Financement This research was supported by the National Natural Science Foundation of China (No. 91851201; No. 41376191), the National Key R&D Program of China (No: 2018YFC1406903), the State Key Laboratory of Microbial Metabolism (Shanghai Jiao Tong University, China: MMLKF16-10), and the Key Research and Development Program of Science and Technology Innovation Project of Hunan Province (2018SK2011).

Les personnes impliquées dans le projet:

Wei Luo

Méthodes d'échantillonnage

Samples were taken aseptically, using a 30 × 30 cm colored snow squares for each sampling station.

Etendue de l'étude Colored snow samples (500 mL) from Fildes Peninsula (Antarctica) taken on 2017-01-30.

Description des étapes de la méthode:

  1. Samples were allowed to naturally melt (≤ 10 °C) and were subsequently filtered through a 0.2 μm nucleopore membrane filter (Whatman). The filters were frozen at − 80 °C in cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) buffer until analysis. DNA extraction was performed as described by Luo et al. (2017). PCR of microbial eukaryotes targeted the V4 region of the 18S ribosomal RNA (rRNA) gene: forward primer 3NDf (5ʹ-GGCAAGTCTGGTGCCAG-3ʹ) and reverse primer V4_euk_R2 (5ʹ-ACGGTATCTRATCRTCTTCG-3ʹ). The V4–V5 hypervariable regions of the bacte- rial 16S rRNA gene were amplified using PCR with the universal primers 515F-Y (5ʹ-GTGYCAGCMGCCGCG GTAA-3ʹ) and 926R (5ʹ-CCGYCAATTYMTTTRAG TTT-3ʹ).
  2. PCR products were pooled and purified using a DNA gel extraction kit (Axygen, Hangzhou, China). The DNA concentration was determined using a Quant-iT PicoGreen double-stranded DNA assay (Invitrogen, Germany), and quality was examined with a TBS-380 Mini-Fluorometer (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA). Finally, amplicons of all samples were pooled in equimolar concentrations and sequenced on an Illumina MiSeq2000 platform.

Citations bibliographiques

  1. Luo, W., Ding, H., Li, H., Ji, Z., Huang, K., Zhao, W., ... & Zeng, Y. (2020). Molecular diversity of the microbial community in coloured snow from the Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica). Polar Biology, 43(9), 1391-1405.