説明
Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) targeting Eukaryota (18S ssu rRNA) and Bacteria (16S ssu rRNA) in red or green colored snow samples (n=10) from Fildes Peninsula, Antarctica (2017).
バージョン
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引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Luo W, Ding H, Li H, Ji Z, Huang K, Zhao W, Yu Y, Zeng Y (2021): Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017). v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbial_communities_colored_snow_antarctica_2017&v=1.0
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は SCAR - Microbial Antarctic Resource System。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: de1c2235-6bf9-4443-bb5c-e0f0feb8ca77が割り当てられています。 Scientific Committee on Antarctic Research によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSCAR - Microbial Antarctic Resource System が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
Metadata
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地理的範囲
Antarctica:Fildes Peninsula
| 座標（緯度経度） | 南 西 [-62.206, -58.971], 北 東 [-62.191, -58.964] |
|---|
時間的範囲
| 開始日 | 2017-01-30 |
|---|
プロジェクトデータ
説明がありません
| タイトル | Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017) |
|---|---|
| ファンデイング | This research was supported by the National Natural Science Foundation of China (No. 91851201; No. 41376191), the National Key R&D Program of China (No: 2018YFC1406903), the State Key Laboratory of Microbial Metabolism (Shanghai Jiao Tong University, China: MMLKF16-10), and the Key Research and Development Program of Science and Technology Innovation Project of Hunan Province (2018SK2011). |
プロジェクトに携わる要員:
収集方法
Samples were taken aseptically, using a 30 × 30 cm colored snow squares for each sampling station.
| Study Extent | Colored snow samples (500 mL) from Fildes Peninsula (Antarctica) taken on 2017-01-30. |
|---|
Method step description:
- Samples were allowed to naturally melt (≤ 10 °C) and were subsequently filtered through a 0.2 μm nucleopore membrane filter (Whatman). The filters were frozen at − 80 °C in cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) buffer until analysis. DNA extraction was performed as described by Luo et al. (2017). PCR of microbial eukaryotes targeted the V4 region of the 18S ribosomal RNA (rRNA) gene: forward primer 3NDf (5ʹ-GGCAAGTCTGGTGCCAG-3ʹ) and reverse primer V4_euk_R2 (5ʹ-ACGGTATCTRATCRTCTTCG-3ʹ). The V4–V5 hypervariable regions of the bacte- rial 16S rRNA gene were amplified using PCR with the universal primers 515F-Y (5ʹ-GTGYCAGCMGCCGCG GTAA-3ʹ) and 926R (5ʹ-CCGYCAATTYMTTTRAG TTT-3ʹ).
- PCR products were pooled and purified using a DNA gel extraction kit (Axygen, Hangzhou, China). The DNA concentration was determined using a Quant-iT PicoGreen double-stranded DNA assay (Invitrogen, Germany), and quality was examined with a TBS-380 Mini-Fluorometer (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA). Finally, amplicons of all samples were pooled in equimolar concentrations and sequenced on an Illumina MiSeq2000 platform.
書誌情報の引用
- Luo, W., Ding, H., Li, H., Ji, Z., Huang, K., Zhao, W., ... & Zeng, Y. (2020). Molecular diversity of the microbial community in coloured snow from the Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica). Polar Biology, 43(9), 1391-1405.