Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017)

Metadata-only
Последняя версия опубликовано SCAR - Microbial Antarctic Resource System июн 18, 2021 SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Дата публикации:
18 июня 2021 г.
Опубликовано:
SCAR - Microbial Antarctic Resource System
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию метаданных ресурса (только метаданные) в формате EML или RTF:

Метаданные в формате EML Скачать в English (9 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (11 KB)

Описание

Amplicon sequencing dataset (Illumina MiSeq) targeting Eukaryota (18S ssu rRNA) and Bacteria (16S ssu rRNA) in red or green colored snow samples (n=10) from Fildes Peninsula, Antarctica (2017).

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Luo W, Ding H, Li H, Ji Z, Huang K, Zhao W, Yu Y, Zeng Y (2021): Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017). v1.0. SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Dataset/Metadata. https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbial_communities_colored_snow_antarctica_2017&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является SCAR - Microbial Antarctic Resource System. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: de1c2235-6bf9-4443-bb5c-e0f0feb8ca77.  SCAR - Microbial Antarctic Resource System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Scientific Committee on Antarctic Research.

Ключевые слова

Metadata

Контакты

Wei Luo
  • Originator ●
  • User ●
  • Point Of Contact
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Haitao Ding
  • Originator
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Huirong Li
  • Originator
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Zhongqiang Ji
  • Originator
Second Institute of Oceanography
Hangzhou
CN
Kaiyao Huang
  • Originator
Chinese Academy of Sciences
Wuhan
CN
Wenyu Zhao
  • Originator
CN
Yong Yu
  • Originator
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Yinxin Zeng
  • Originator
Polar Research Institute of China
Shangai
CN
Maxime Sweetlove
  • Metadata Provider
Royal Belgian Institute of Natural Sciences
Brussels
BE

Географический охват

Antarctica:Fildes Peninsula

Ограничивающие координаты Юг Запад [-62,206, -58,971], Север Восток [-62,191, -58,964]

Временной охват

Дата начала 2017-01-30

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название Microbial communities in colored snow from Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica, 2017)
Финансирование This research was supported by the National Natural Science Foundation of China (No. 91851201; No. 41376191), the National Key R&D Program of China (No: 2018YFC1406903), the State Key Laboratory of Microbial Metabolism (Shanghai Jiao Tong University, China: MMLKF16-10), and the Key Research and Development Program of Science and Technology Innovation Project of Hunan Province (2018SK2011).

Исполнители проекта:

Wei Luo

Методы сбора

Samples were taken aseptically, using a 30 × 30 cm colored snow squares for each sampling station.

Охват исследования Colored snow samples (500 mL) from Fildes Peninsula (Antarctica) taken on 2017-01-30.

Описание этапа методики:

  1. Samples were allowed to naturally melt (≤ 10 °C) and were subsequently filtered through a 0.2 μm nucleopore membrane filter (Whatman). The filters were frozen at − 80 °C in cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) buffer until analysis. DNA extraction was performed as described by Luo et al. (2017). PCR of microbial eukaryotes targeted the V4 region of the 18S ribosomal RNA (rRNA) gene: forward primer 3NDf (5ʹ-GGCAAGTCTGGTGCCAG-3ʹ) and reverse primer V4_euk_R2 (5ʹ-ACGGTATCTRATCRTCTTCG-3ʹ). The V4–V5 hypervariable regions of the bacte- rial 16S rRNA gene were amplified using PCR with the universal primers 515F-Y (5ʹ-GTGYCAGCMGCCGCG GTAA-3ʹ) and 926R (5ʹ-CCGYCAATTYMTTTRAG TTT-3ʹ).
  2. PCR products were pooled and purified using a DNA gel extraction kit (Axygen, Hangzhou, China). The DNA concentration was determined using a Quant-iT PicoGreen double-stranded DNA assay (Invitrogen, Germany), and quality was examined with a TBS-380 Mini-Fluorometer (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA). Finally, amplicons of all samples were pooled in equimolar concentrations and sequenced on an Illumina MiSeq2000 platform.

Библиографические ссылки

  1. Luo, W., Ding, H., Li, H., Ji, Z., Huang, K., Zhao, W., ... & Zeng, Y. (2020). Molecular diversity of the microbial community in coloured snow from the Fildes Peninsula (King George Island, Maritime Antarctica). Polar Biology, 43(9), 1391-1405.

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы https://ipt.biodiversity.aq/resource?r=microbial_communities_colored_snow_antarctica_2017